R语言将层次聚类中的树分成簇

Question

R语言将层次聚类中的树分成簇说明在聚类树图中可以观测到聚类的层次，但是仍然得不到组的信息，不过我们可以定义一个聚类树图会拥有多少个

Answer 1

R语言将层次聚类中的树分成簇
说明
在聚类树图中可以观测到聚类的层次，但是仍然得不到组的信息，不过我们可以定义一个聚类树图会拥有多少个簇，并控制树的高度以便将树分成不同的组。
操作
接上节的数据hc
将数据分成四组
fit = cutree(hc,4)
检查数据的簇标签
fit
[1] 1 1 2 1 2 1 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 2 1 2 3 4 3 4 3 3 4 4 3 4 4 4 3 3 3 4 4 3 4 4 4 4 4 4 4 3 3 4 4 4 3 4 3 3 4 4 4 3 4 4 3
统计每一个簇中的对象数

table(fit)
fit
1 2 3 4
11 8 16 25
使用红色矩形框可视化矩形的簇

plot(hc,hang = -0.01,cex =0.7)
rect.hclust(hc,k=4,border = "red")

除了使用红色矩形来框来界定簇，还可以使用它对单独某个簇进行标记：

plot(hc,hang = -0.01,cex =0.7)
rect.hclust(hc,k = 4,which = 2,border = "red")

标记特定簇
还可以调用dendextend包，使用不同的颜色来绘制红色矩形框的各个不同聚簇。
根据分支所在的不同簇，对其涂色

library(dendextend)#delete
dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")

不同簇不同色
在这些簇周围添加红色矩形框

dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")
dend %>% rect.dendrogram(k=4,horiz = TRUE)

最后，在图中添加一条切割线来展示对树的操作结：
dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")
dend %>% rect.dendrogram(k=4,horiz = TRUE)
abline(v = heights_per_k.dendrogram(dend)["4"] + .1,lwd = 2,lty = 2,col = "blue")

水平聚类树中绘制分割线