淡水浮游生物包括浮游植物和浮游动物，其主要生态作用是：浮游植物能吸收水中各种矿质养分和有机物，保持水体一定的清洁度，增加水体的溶氧量，对水质理化特性的变化起主导作用，同时形成水域生态系统的初级生产力。渔业生产上所讲的培养水质或肥水，实质上是指繁殖浮游生物。浮游生物生产力的大小，预示着池塘鱼类产量的高低。浮游植物是鲢、鳙和罗非鱼等鱼类的主要饵料，浮游动物是幼鱼的饵料。
多种鱼类共同对水体环境发生影响。草食性鱼类的粪便可以促进浮游生物的繁殖，为鲢、鳙提供饵料。鲢、鳙等滤食性鱼类取食浮游生物和细菌，使水质变清，有利于草食性鱼类的生活。鲤、鲫、罗非鱼等摄食有机碎屑，也可保护水质。各种水生生物之间以及水生生物与环境之间连接成一个合理的、具有良性循环的生态系统，既具有较好的生产性能，又具有较强的自净能力。
湖泊中，水生植物常占重要地位，大量植物有机残体沉积湖底，积极参与湖盆的填平作用，据分析，云南省天然湖泊底泥中有机质含量，洱海为2.69％，滇池为6.34％，草海最高可达27％，为湖泊的沼泽化和泥炭形成提供了丰富的物质基础。其次，水生植物具有过滤泥沙、减缓水流的作用，促使湖水透明度增大。在氧化塘中利用水生植物(如凤眼莲)处理污水，也是水生生物净化、改造水域环境的实例之一。
知识点
自养生物
作为生态学用词也称独立营养生物，它的对应词为异养生物。其原义是指仅以无机化合物为营养进行生活、繁殖的生物，在这种古典概念中，并没有把获得能量的基质氧化和为了碳素同化而进行营养物质的还原这两大代谢系统加以区别。而今天这个概念已分为根据作为能源而被氧化的营养物质及其氧化形式来分类（化学合成生物、光合作用生物、无机氧化生物、有机氧化生物），以及根据对碳源的营养素材的摄取方式及其在还原同化作用中所必需的有机代谢物质的合成方式来进行分类。而且只限定于后者的意义而被广泛地应用。