自中国水产科学研究院南海水产研究所成立以来，该所积极参与并完成了多项科研项目，累计达到1600多项。这些项目硕果累累，共收获各类科研成果820余项，其中包括14项国家级荣誉和126项省部级奖项，充分展示了研究所的科研实力和影响力。
在众多科研成果中，《四大家鱼工繁殖》这一项目，通过系统的科学研究，推动了我国养殖业的发展，为渔业经济的繁荣做出了重要贡献。《大珠母贝人工育苗与插核珠技术》的突破，标志着我国在贝类养殖技术上取得了重大进展，为海洋生态和渔业资源的可持续利用提供了新的解决方案。
“南海贻贝观察”体系的研究，通过对南海海域贝类生态的深入探究，为海域生态保护和渔业管理提供了科学依据。《广东省海岛水域海洋生物和渔业资源调查》的完成，揭示了海岛海域的生物多样性，为海洋资源的合理利用和保护提供了宝贵的资料。
而《鲻鱼人工繁殖与育苗技术研究》的成功，不仅提升了鲻鱼的养殖效率，还为我国沿海地区渔业发展注入了新的活力。这些科研成果的取得，无疑为我国渔业经济建设的持续繁荣奠定了坚实的基础。