首先，我们需要了解什么是论文查重。论文查重是通过专门的查重系统来检测论文中是否存在抄袭、剽窃等不当行为的手段。查重系统通过比对论文与已有的学术论文、网络文章等进行比对，来判断论文的原创性和学术诚信度。在查重系统中，学术论文的重复率会被计算出来，如果重复率超过一定的阈值，就会被认定为不合格。
当学生的论文第二次查重不合格时，会引发一系列问题。首先，学生的论文存在抄袭或剽窃行为，这是一种严重的学术不端行为，违反了学术道德和学术规范。学术界对于学术不端行为一直持零容忍态度，不合格的论文会对学生的学术声誉产生负面影响。此外，研究生的论文也代表着研究生个人的学术水平和研究成果，不合格的论文可能会对学生未来的发展产生不利影响。一些高校和科研机构要求申请博士、硕士学位时提供发表论文或者取得论文合格证明，不合格的论文将会影响学生的申请资格和录取机会。
然而，研究生的毕业是否会因为论文第二次查重不合格而受到影响还需要考虑具体情况。在国内不同学校和不同专业之间，对论文查重的要求和标准会有所不同。有些学校或专业可能对论文查重的结果有明确的规定，如果查重不合格，则必须进行修改并重新查重直至合格。而有些学校或专业可能并没有设定明确的查重要求，只要论文质量过关就可以毕业。因此，论文查重对于研究生毕业的影响程度存在一定的差异。