这两所大学不是同一所大学。
香港中文大学（深圳）（The Chinese University of Hong Kong, Shenzhen），简称港中大（深圳）（CUHK-Shenzhen），香港地区称“中大（深圳）”。大学以书院制大学建制，系中外合作大学联盟成员，国际商学院协会（AACSB）认证成员。
香港中文大学（The Chinese University of Hong Kong），简称港中大（CUHK），书院制大学建制，为世界大学联盟、环太平洋大学联盟、亚太国际教育协会、中国大学校长联谊会、英联邦大学协会成员，亚洲首家国际商学院协会（AACSB）认证成员，是一所以“中国研究”、“生物医学科学”、“信息科学”、“经济与金融”、“地球信息与地球科学”为五大重点研究领域的公立研究型综合大学，并在这些领域堪称世界级学术重镇。
创办香港中文大学（深圳）的目的有两个方面，一方面，希望移植香港中文大学几十年来成功的办学模式到中国内地，这里包括优秀的办学理念，成熟的管理机制和严格的学术体系；另一方面，希望能为中国培养一批有国际视野的，有社会担当的，新一代创新型专业人才。
20世纪70年代末，港中大与内地多所大学及机构合作，进行研究及举办合办课程。而港中大的发展策略里其中重要的一环，就是加强在珠三角一带的教学协作，在深圳增设开办学位课程的高等院校就是其中的契机。
2010年2月，港中大与深圳市人民政府签订教育合作备忘录，表达双方意向，在教育领域先行先试，建立香港中文大学深圳学院，后定名为“香港中文大学（深圳）”。
2014年4月28日，教育部正式致函广东省人民政府，同意批准设立香港中文大学（深圳），合作设立香港中文大学（深圳）办学者为香港中文大学和深圳大学，由广东省人民政府依法进行管理。
主要区别是，办学性质不同、主管部门不同、学校特色不同、院系设置不同，具体如下：
一、办学性质不同
1、香港中文大学深圳校区
内地与港澳台地区合作办学。
2、香港中文大学
公立大学。
二、主管部门不同
1、香港中文大学深圳校区。
广东省教育厅。
2、香港中文大学
香港特别行政区教育局。
三、学校特色不同
1、香港中文大学深圳校区
中外合作（含内地与港澳地区）大学联盟、AACSB认证。
2、香港中文大学
环太平洋大学联盟、世界大学联盟成员、中国大学校长联谊会、松联盟成员、AACSB、AMBA认证。
四、院系设置不同
1、香港中文大学深圳校区
设有经管学院、理工学院、人文社科学院、数据运筹院、生命与健康科学学院以及研究生院，并设有覆盖理学、工学、文学、社会科学、经济学和管理学，共计14个本科专业和11个研究生专业。
2、香港中文大学
学校设有文学院、工商管理学院、教育学院、工程学院、法律学院、医学院、理学院、社会科学院等8个学院。
以上内容参考 百度百科-香港中文大学深圳校区、百度百科-香港中文大学
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