县级以上卫生行政部门负责处理在其所辖区域内的违规案件，依据卫生法律、法规和规章进行查处。省级卫生行政部门，如省疾病预防控制中心，有权根据相关法律、法规和本地区实际情况，明确具体管辖分工。对于重大、复杂的案件，卫生部将负责查处。
在管辖权限划分中，上级卫生行政部门可以将案件转交给下级处理，或者在下级请求时介入。当两个或多个卫生行政部门在管辖上有争议时，他们会共同上报给它们的上级决定管辖权。如果发现案件不在自己管辖范围内，卫生行政部门应书面移送给有管辖权的机构。被移送给的部门需将结果函告原机构。如果受移送的机构认为移转不当，应报请共同上级决定，不得自行处理。
上级卫生行政部门在接到管辖争议或请求移管的申请后，应在十日内做出明确的管辖决定。国境卫生检疫机构依据国境卫生检疫法律、法规进行行政处罚，违法行为发生地的国境卫生检疫机关负责管辖，而重大复杂的案件则由卫生部卫生检疫局负责。对于卫生部卫生检疫局下属机构间的管辖争议，由卫生部卫生检疫局指定管辖。
对于法律、法规规定受卫生部委托的有关部门的卫生主管机构，或由卫生部与相关国务院部门共同规定的监督职责，它们负责管辖范围内的案件。当卫生行政部门与这些部门在管辖权上出现争议时，将上报省级卫生行政部门进行指定管辖。
卫生行政部门是指各级政府中负责医疗卫生行政工作的部门，比如我们常提到的卫生部和各省、自治区卫生厅、各市县卫生局。卫生行政部门负责医疗卫生方面的政策、环境工作，具体的执法、业务工作由下属事业单位等实施，下属事业单位包括负责行政执法的卫生监督局（所），负责传染病、慢性病预防控制的疾病预防控制中心（以前叫卫生防疫站），负责妇幼卫生的妇幼保健院，还有各级医院、乡镇卫生院等。
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