党领导军队的根本制度是党对军队绝对领导的根本制度。这一制度主要包括以下几个方面：
1. 军队的最高领导权和指挥权属于党中央和中央军委，各级党组织和军事指挥机构必须服从党中央和中央军委集中统一领导。
2. 坚持党委统一的集体领导下的首长分工负责制，实行党委领导首长分工负责制，确保党对军队的全面领导。
3. 实行党委统一的政治工作制度，确保党对军队的政治领导。军队的政治工作必须紧紧围绕党的事业发展全局，服务于国防和军队建设。
4. 实行党委统一的军事工作制度，确保党对军队的军事领导。军事工作必须贯彻党的路线、方针、政策，遵循军事规律，为实现国防和军队建设总体目标服务。
5. 建立和完善党的组织在军队各级的建制和制度，确保党的组织在军队中的全面覆盖和有效运行。
6. 实行党代表制度，各级党组织实行军官代表大会制度，军队中的共产党员特别是党员领导干部必须模范遵守党的纪律，保持党员的先进性和纯洁性，发挥先锋模范作用。
7. 坚持全心全意为人民服务的宗旨，把人民军队的性质宗旨贯彻到各项工作中。同时，坚持人民战争思想，把人民群众视为自己的依靠力量，自觉接受人民群众的监督和检验。
总之，党领导军队的根本制度是确保党对军队绝对领导的核心制度，是维护国家安全、保卫国家主权和领土完整的根本保障。这一制度的贯彻执行，必须始终坚持党的领导地位不动摇，不断加强党的组织建设、思想建设和制度建设，确保党对军队的绝对领导不偏离方向。