所谓基因工程，就是根据人类的需要，将某种基因有计划地移植到另一种生物中去的新技术。基因工程是人工创造新物种的有效途径，在这个工程中，微生物有着很大的用途。
科学家发现，微生物可以作为基因的供体，把它的优良性状提供给其他生物；也可以作为基因的载体，把一个生物的优良性状携带给另一个生物。还可以作为基因的受体，接受别的生物的基因，并在细胞内复制和表达。我们已经知道，微生物具有繁殖快，容易实现工厂化生产等优点，如果把植物或动物的基因移植到微生物中去，就可以多快好省地生产生物制品。微生物在基因工程中大有作为。它将为人类创造许多新的财富，它将为人类治愈一些不治之症，它也将为农业生产展示光辉的前景。