（1）经营理念落后，产品缺乏品牌特色和文化内涵。农家生态旅游的经营者文化素质普遍偏低，经营理念相对落后。目前，农家生态旅游的经营主体是农民，因其文化素质不高，加之小农思想影响，使得农民的思维特征偏于实用理性，只注重自身经济效益，却无视社会经济效益，对于农家生态旅游的发展缺乏全局和长远的考虑。
特色和品牌是吸引游客的关键因素，农家生态旅游开发的初衷，就是为了给城市居民提供一种变换城市生活方式的环境，提供一个认识农村的机会。而事实上，现在农家生态旅游经营农户的经营理念雷同化的倾向严重，品牌意识淡薄，旅游产品文化含量低。提供的休闲旅游产品内容单调，仅限于麻将、棋牌、卡拉OK等娱乐产品，缺乏品位和个性化色彩；对生态文化、乡土文化、乡村民俗等文化内涵没有深入挖掘。游客在旅游活动中缺少健康的娱乐休闲项目和健身的参与性活动及文化的学习性活动。这就忽视了当代游客的多元娱乐需求和追求健康雅致型消费方式的潜在需要，导致游客消费方式呈现快进快出的浅层旅游状态，重游率低，不能适应现代旅游市场的需求。
（2）经营资金缺乏，缺少统一规划。现阶段我国的农家生态旅游经营大多以家庭为单位开展经营活动，所以在资金投入方面有一定难度。由于业主前期投资较大，资金回收缓慢，而游客品位要求越来越高，加之经营项目无特色，再投入乏力，久无变化，部分生意萎缩，甚至难以维持经营。
由于缺乏对地理位置、自身资源、本地政策、市场需求、基础设施、乡村民俗的调研，及对环境承载力的评估，导致经营农户盲目投资上项目，所开发的旅游产品没有进行科学的可行性论证。有些地方在开发建设上脱离了朴素、自然、协调的基本原则，片面追求规模大和现代化，不仅脱离了农家生态旅游的内涵，而且破坏了环境和谐，从而降低了旅游吸引力。
（3）管理体制不健全，服务水平参差不齐。目前，农家生态旅游尚未纳入旅游或工商部门的正式管理范围之内，也未向税收部门纳税，其开业、停业都较随意，有些农户为节约成本，找几个“亲戚”就开始经营，还有些根本不具备经营条件也就地开张。因此，一些农家生态旅游存在“宰客”现象，严重影响了农家生态旅游的形象。
农家生态旅游的开办者大多是当地的农民，文化水平相对较低，他们没有经过专门的业务培训，服务意识和服务质量较差，整体接待水平较低。而游客旅游的一个重要目的就是在娱乐的同时享受优质的服务，游客在需求不能得到很好的满足时必然会对农家生态旅游大打折扣，从而不利于农家生态旅游的长远发展。农家生态旅游虽然数量不少，但规模小，大多处于无序状态，每个农家生态旅游各自为战，没有统一服务标准和服务理念，很难做大、做好、做强。
（4）基础设施不完善，环境卫生质量不达标。农家生态旅游开展地区一般是市郊和农村地区，很多地方基础设施建设滞后，影响了旅游的开发。首先，交通问题突出。通往农舍的道路较差，交通不太方便。由于外地游客对当地地理环境不熟悉，而又缺少明显的指示牌，可进入性差。其次，休闲设施欠缺。很多农家生态旅游休闲设施过于简陋，缺少可供游人舒适停留的设施，如树荫下的凉亭、坐椅、茶室等。再次，配套设施不齐全。医疗保健站、药店、小超市、理发店等配套设施都还不健全。此外，供水、供电不足、排污不畅、垃圾和生活污水随意排放，这些都影响了农家生态旅游的可持续发展。
由于长期以来不良的卫生习惯及卫生基础条件欠缺等原因，农家生态旅游的卫生状况不达标现象严重。据不完全统计，目前大部分的农家生态旅游没有卫生许可证和营业执照，从业人员没有健康证，住宿和饮食环境卫生、安全存在严重的隐患。2004年广西桂林农家生态旅游中出现的80多名游客群体中毒事件就是一个例子。
近几年，一些地方对农家生态旅游给予保护的政策，大量发展，特别是在连点成片地方的农家生态旅游地区，随着经营规模的扩大，带来了一系列的环境问题。以几年前火爆一时的松华坝片区农家生态旅游为例，这里地处昆明市饮用水源区，但是很多农家生态旅游产生的垃圾仍用火烧，生活污水也随意排放，成为松华坝水质恶化的一个重要原因。因此，对农家生态旅游的卫生、环保状况进行严格的监督管理势在必行。
（5）宣传力度不够，促销意识不强。大多数农家生态旅游经营者市场促销意识不强，缺乏主动宣传和参加集体促销的积极性。加之经营规模小而分散，与旅行社等服务机构联系不密切，没有形成较完整的宣传营销网络体系，导致其资源和产品的知名度难以扩展，品牌效应难以形成。