农药喷洒到辣（甜）椒或土壤中，经过一段时间，由于光照、自然降解、雨淋、高温挥发、微生物分解和植物代谢等作用，绝大部分已经消失，但还会有微量的农药残留。残留农药一般对病虫和杂草无效，但对人畜和有益生物却会造成危害。在农药使用范围和使用量不断扩大的情况下，控制农药残留，保证人畜安全、健康，已成为必须要尽快解决的问题。那么，如何最大限度地控制农药残留呢？
第一，合理使用农药。应根据农药的性质，病虫草害的发生、发展规律，科学、辩证地施用农药，力争以最少的用量获得最大的防治效果。合理用药一般应注意：
①对症用药，掌握用药的关键期与最有效的施药方法；
②注意用药的浓度与用量，掌握正确的施药量；
③改进农药性能，如加入表面活性剂有机硅等，以改善药液的展着性和渗透性能；④推广应用生物制剂和高效、低毒、低残留农药，并要合理混用农药。
第二，安全使用农药。应严格遵守《农药安全使用规定》、《农药安全使用标准》等法规，实行“预防为主，综合防治”的植保方针。积极发展高效、低毒、低残留的农药品种，严禁使用禁用、限用的高毒、高残留和“三致”农药。严禁高毒、高残留和“三致”农药用于果树、蔬菜、粮食、中药材、烟草等；禁止用农药毒杀鱼、虾、青蛙和有益的鸟兽等；施用农药一定要在安全间隔期内进行。
第三，采取避毒措施。在遭受农药污染较严重的地区，一定时期内不栽种易吸收农药的辣（甜）椒等，可栽培抗病、抗虫蔬菜或其他新品种，减少农药的施用。
第四，实行“预防为主，综合防治”的植保方针。认真实行辣（甜）椒与其他农作物的合理轮作、倒茬，选用抗病品种，增施生物菌有机肥料，减少速效氮素化肥施用量，推广温室、大拱棚等设施栽培，并在设施栽培中推行防虫网等农业防治措施；积极开展性诱激素、以虫治虫、以菌治虫、防病等生物防治措施；大力推广黑光灯、诱虫板等物理防治措施；在设施栽培中实行白天高温调控、夜间通风降湿、防虫网封闭通风口的生态防治措施；科学进行化学农药防治病虫害。
第五，掌握好收获期。不允许在安全间隔期内收获采摘辣（甜）椒。各种药剂因其分解、衰变的速度不同，辣（甜）椒的生长趋势和季节也不同，因而具有不同的安全间隔期，收获时辣（甜）椒离最后喷药的时间间隔越远越好。
第六，进行去污处理。对残留在辣（甜）椒、果蔬表面的农药可作去污处理。如通过暴晒干椒、清洗鲜椒等，减少或去除农药残留污染。
第七，大力推广使用天达2116降解农药残留。据试验，喷洒天达2116能有效降解辣（甜）椒的农药残留，喷洒3天后其农药残留可比对照减少50%左右，喷洒15天后可减少90%以上。
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