一、书画收藏。台北故宫藏有书画总计9120件，据介绍其中一半为优等和次等，元以前绘画574件（不包括南薰殿宋以前帝后像），元以前书法155件。北京故宫有书画15万件左右，约占世界公立博物馆所藏中国古代书画的¼，其中约1/3具有较高的学术价值和欣赏价值，有近420件元以前的绘画，310件元以前的书法。元以前书画总收藏量，数量上北京故宫低于台北故宫。但相对严格的鉴定工作，使得北京故宫早期（元以前）书画中，很少有早期和晚期（明清）之争。在绘画的时代方面，北京故宫的早期藏品反映了各个历史时期的绘画面貌，特别是东晋顾恺之的两件北宋摹本《列女图》卷和《洛神赋图》卷真实地反映了汉魏六朝时期的绘画风格。就唐、五代、两宋绘画而言，台北故宫在数量上较北京故宫要多，但北京故宫元代绘画众多的收藏量和完善的品质堪称世界之冠。就宋代绘画而言，台北故宫的山水画珍品多于北京故宫，但北京故宫的人物画珍品则占有重要地位。北京故宫绘画藏品种类较全面，除卷轴画外，还藏有版画、年画、清宫油画、玻璃画、屏风画、贴落等，这些是台北故宫所缺乏和不足的。此外北京故宫还有10件唐宋壁画、7件唐五代敦煌纸绢画、1铺元代大幅壁画等。北京故宫庋藏的明清大幅宫廷书画也是台北故宫所缺少的，因为这些在文物南迁时有一定运输难度。由于台北故宫主要接收的是清宫旧藏历代书画，而18、19世纪的“扬州八怪”、“京江画派”、清初的“金陵诸家”、“四僧”等许多流派的绘画和书法为清宫所缺，如今已是国之重宝。北京故宫于上世纪60年代初已将上述几个时期书画收藏齐备。在书法方面，台北故宫的收藏量和品质不如北京故宫。北京故宫有4万多通明清尺牍，其中蕴含着巨大的文献价值和艺术价值，远胜台北故宫在这方面的收藏。在碑帖方面，北京故宫的碑帖善本占全国大多数。目前尚没有见到文物南迁中有关碑帖的记录。
二、陶瓷类文物。北京故宫有35万件，一级品1100多件，二级品约5.6万件，还有上世纪以来在全国110多个窑口所采集的3万余片陶瓷标本。台北故宫有25248件清宫旧藏瓷器，宋代五大名窑瓷器及明代官窑瓷器收藏均占优势，著名的清代康雍乾三朝珐琅彩瓷器绝大多数都藏在台北故宫。但北京故宫的收藏数量是台北故宫无法比拟的，特别是在新石器时代彩陶、三国两晋南北朝隋唐五代瓷器、清代嘉庆至宣统官窑瓷器、历代民窑瓷器以及古陶瓷窑址标本、实物资料收藏方面，北京故宫均占有明显优势。北京故宫在历代官窑瓷器收藏方面，无论数量还是质量，也都相当可观，不容忽视。在古陶瓷收藏方面，两岸故宫各有千秋。
三、青铜器方面。北京故宫藏历代铜器1.5万余件，其中先秦青铜器约1万件，有铭文的1600余件，这三个数量均占中外传世与出土数量总和的1/10以上，是国内外收藏中国青铜器数量最多的博物馆。另外有历代货币1万余枚、铜镜4000面、印押1万余件。台北故宫收藏有5615件青铜器，先秦有铭文的约500件。两岸故宫青铜器都以传世品为主，台北故宫藏品的总量和精品数量都较少，但毛公鼎、散氏盘、宗周钟等重器则十分有名。
四、工艺类藏品方面。北京故宫藏有玉器28461件，数量上多于台北故宫的11445件，而且又征集了考古发掘出土的珍贵玉器数百件，其中安徽凌家滩遗址与六安杨公乡战国墓出土的一些玉器，为世所罕见，目前仅北京故宫有收藏。另外，北京故宫的“大禹治水”玉山，重逾万斤，还有重量数千斤的几件玉山，是台北故宫所不能及的。漆器、珐琅、玻璃、金银器、竹木牙角雕刻，以及笔墨纸砚等“杂项”，台北故宫总计7605件，北京故宫则有101355件。漆器总体上台北故宫精品较少；金属珐琅器，两岸所藏特点相近，但北京故宫的一些大型金属珐琅制品则是台北故宫所没有的；从台北故宫出版的有关如意、文玩等出版物所选文物看，其工艺水平明显逊于北京故宫藏品。另外，北京故宫还藏盆景1442件，匏器590件，而台北故宫无此收藏。
五、宫廷类文物收藏。北京故宫具极大优势，从代表皇权的典制文物到皇家日常生活用品文物，无所不藏。例如清代玉玺“二十五宝”、卤簿仪仗等为台北故宫所无，帝后冠服也最为齐全；反映清代科技发展水平以及中外文化交流的天文仪器、钟表亦为北京故宫特藏。清代皇帝稽古右文，重视文玩鉴赏，其鉴赏所用的印章，绝大部分藏在北京故宫。清代皇家信仰多种宗教，以本民族传统的萨满教、道教与藏传佛教为主。北京故宫收藏有大量萨满教与藏传佛教的法器、祭器、造像、唐卡等，还完整地保存了宫廷中一些藏传佛教及道教殿堂的原状。
六、图书典籍方面。台北故宫所藏版本时代早（宋、元、明版较多）、卷帙完整、书品好者居多，如文渊阁《四库全书》、?ぴ逄谩端目馊?书荟要》、《宛委别藏》及部分“天禄琳琅”藏书等，多是独有的巨帙或孤善之品，相当珍贵。北京故宫所存数量不多的宋元版书多已拨交国家图书馆，但现存的明清抄、刻本，品种、数量众多，包括内府修书各馆在编纂过程中产生的稿本，呈请皇帝御览、待刻之书的定本，从未发刻的清代满、蒙、汉文典籍，为便于皇帝阅览或携带而重抄的各式书册，以及为宫内外殿堂陈设而特制的各种赏玩性书册。此外还有翰林学士、词臣自撰的未刊行书籍，各地藏书家进呈之书；一大批宫中戏本和档案；帝后服饰和器物小样、“样式雷”建筑图样、舆图等特藏文献，等等，以上共约19.5万册（件）。另有20余万块精美的武英殿“殿本”的原刻书版。这些构成了北京故宫善本特藏的特色。北京故宫博物院的藏品，除了所存旧藏外，有近1/5是新中国成立以来在中央政府的直接领导和各省市积极支持下征集、购买的散佚清宫文物及社会各界人士的捐赠。解放初期，国家就毅然花50多万港币从香港买回著名的“三希”中的两希——《伯远帖》和《中秋帖》。当时台湾也想买，但经费没有落实，他们至今引为憾事。迄今为止，先后有600多人向北京故宫捐献文物。毛主席三次将友人送自己的文物转送故宫保存。张伯驹、朱翼庵、孙瀛洲等人的无私捐赠，彪炳千秋。新征集的文物，许多在价值上比清宫旧藏毫不逊色。这使故宫很快成为名副其实的中国历代文化艺术的巨大宝库，成为最有代表性的中华文明的象征。
由于多种原因，许多人对北京故宫文物藏品状况不很清楚，有人以为好东西都到了台湾，有的甚至说：“台北有文物没有故宫，北京有故宫没有文物”，这显然是误解。当然，文物自有其本身的艺术价值和历史价值，是不可以互相替代的。两岸故宫的收藏本来就是一个整体，有着很强的互补性，只有从整体上来看待，才能全面地认识中华文化的源远流长和丰富多彩。
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