三九医药股份有限公司是一家在中华人民共和国注册的股份有限公司，于1999年3月2日经原国家经济贸易管理委员会国经贸企改[1999]134号文件批准，由深圳三九药业有限公司(以下简称“三九药业”)、三九企业集团(深圳南方制药厂)(以下简称“三九集团”)、深圳九先生物工程有限公司(以下简称“九先生物 ”)、深圳市先达明物业管理有限公司(以下简称“先达明物业”)和惠州市壬星工贸有限公司共同发起设立，并于1999年4月21日经国家工商行政管理总局核准登记，企业法人营业执照注册号： 1000001103157。
于2008年5月22日，经广东省深圳市工商行政管理局核准登记，三九医药股份换领注册号为440301103302647的企业法人营业执照。三九医药股份所发行人民币普通股A 股股票，已在深圳证券交易所上市。三九医药股份总部位于广东省深圳市罗湖区银湖路口。
三九医药股份注册成立时原注册资本为人民币55,300万元，股本总数55,300万股。
三九医药股份经中国证券监督管理委员会以证监发行字[1999]142号文批准，于1999年11月面向社会公众发行人民币普通股20,000万股。
于2000年3月9日在深圳证券交易所正式上市交易，注册资本增加为75,300万元，股本总数75,300万股，其中国有发起人持有55,200万股，境内法人持有100万股，社会公众持有20,000万股。三九医药股份股票面值为每股人民币1元。
根据三九医药股份2003年度第二次股东大会决议，三九医药股份以2002年12月31日股本75,300万股为基数，按每10股由资本公积转增3股，共计转增22,590万股(每股面值1元)，并于20 03年度实施。转增后，三九医药股份注册资本增至人民币97,890万元，但增资的工商变更手续尚未办理完毕。
截至2008年12月31日，三九医药股份累计发行股本总数97,890万股。
于2008 年4 月16 日，根据国务院国资委国资产权[2008]384 号文《关于三九医药股份有限公司国有股东股权变更有关问题的批复》，三九集团所持有的三九医药股份84,462,5 20 股国有法人股股份及三九药业所持有的三九医药股份613,937,480 股国有法人股股份的持股主体统一变更为新三九控股有限公司(以下简称“新三九控股”)。
于2008 年6 月16 日，商务部以商资批[2008]602 号文《商务部关于同意三九医药股份有限公司股权转让的批复》同意了上述股权变更。
截至2008 年12 月31 日，除三九集团所持有的42,019, 587 股股份尚未完成变更审批及过户程序外，其余涉及转让股份已全部在中国证券登记结算有限责任公司深圳分公司办理过户登记确认书并过户至新三九控股。公司于2007年11月底正式进入华润集团。
2010年2月，经国家工商行政管理总局审核，并经深圳市市场监督管理局核准，公司名称由“三九医药股份有限公司”正式变更为"华润三九医药股份有限公司"。
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