杨仁恺早年曾先后在成都群觉女子中学担任历史教员，成都球精印刷厂负责校对、出版工作。抗战时期，杨仁恺移居重庆，和当时集中在重庆的文化艺术界名人郭沫若、徐悲鸿、沈尹默、谢无量、金毓黻、潘天寿、张大千、黄宾虹、吕凤子、傅抱石、老舍等诸先生接触频繁，受益颇多。曾担任重庆德光印书局协理与《说文月刊》出版社合伙人、负责人与顾问；重庆私立敬业高级专科商业学校、长江音乐高等专科学校教师，《文物》杂志顾问。1945年日本投降后，杨仁恺移居北平，担任北平市政府技正，进一步与文化、文物界名人密切交往，与书画鉴赏家张伯驹、徐石雪、陈半丁、邓拓等文化名人志同道合，披览历代藏品，交流鉴定心得。
1950年郭沫若同志推荐文化部文物局为果，转任东北局文化部研究员，先负责文溯阁《四库全书》的整理与编撰，有“文溯阁大学士”之称。1952年，参与并负责了末代皇帝溥仪伪满散失的大量历史国宝《故宫散失佚目》的追缴与考证工作。杨老先后在东北银行鉴定与整理所存历代书法名画，以及参与接收1945年8月苏联红军缴获伪满洲国皇帝溥仪所盗国宝拨交东北博物馆的接收工作；明察暗访追寻大量散失于民间历史国宝的下落，收缴、追回、鉴定与考证抢救了大批历史流失国宝，同时竭心尽力追寻与抢救千年历史中散失于海外大量国宝，通过索回、捐献、捐赠及回购等方式使历史散失的大批国宝一一回到祖国怀抱。同时也为故宫博物院绘画馆的开放做出了杰出的贡献。
1991年，杨仁恺先生为九一八纪念题铭碑文：“夜十时许，日军自爆南满铁路柳条湖路段，反诬中国军队所为，遂攻占北大营，我东北军将士在不抵抗命令下忍痛撤退，国难降临，人民奋起抗争。”告诫世人“任何时候，都勿忘国耻。”
杨仁恺晚年应邀访问亚、欧、美等十几个国家和地区，传播中华民族传统文化，追寻祖国多灾多难历史中散失海外的流失国宝，交流与考察各国的文博艺术事业，为推动文博和美术事业的交流与发展发挥了重要作用。杨仁恺这一时期频繁出访世界各地及国内各地，一方面，从各国家国家博物馆、著名博物院、美术馆、知名学府及各类机构中获得了大量追寻国宝线索并予以考鉴记载；另一方面，在世界知名拍卖机构、华人机构、各类艺术机构及私人渠道、大小私人藏家等获得线索，追寻国宝历史跨度五千年。一方面通过促成众多所有者认识历史捐赠回中国，同时回购与记录下大量国宝的现状、保存及历史、脉络、经历与价值，通过考鉴并予以记录在案。 杨仁恺调到东北文化部后，先是协助东北图书馆整理补缀《四库全书》。5个月后，他开始清理由东北银行转来的一批文物。
历朝历代，清明上河图都占据极高地位，称为中华第一神品。这天，杨仁恺从库房拿出一长卷，慢慢展开，5米多长的绢本上，是一幅波澜壮阔的古代风俗画。杨仁恺的眼睛为之一亮，急切地寻找款识与题跋，可惜，这幅题为《清明上河图》的巨作上没有作者署名，但是画后只有金代张著的题跋，明确作者为张择端。
《清明上河图》是我国绘画史上的一座艺术丰碑，历朝历代仿作摹本很多，杨仁恺先生过目的就不下十多幅，难道历代皇宫史学家定为真迹的也为赝品？是否真迹在几百年里被淹没在赝品中。如果它为真迹的话，那么，所接收苏联红军缴获溥仪所携的清明上河图也是错定为赝品，百年来真迹无人得见。而在此之前，杨仁恺对明代画家仇英临摹的《清明上河图》进行了鉴定，后来仇英的《清明上河图》一直保存在辽宁省博物馆，也成为镇馆之宝。
杨仁恺根据记忆中诸多历史文献中的记载文字描述，画卷逐渐展开，比如：开封的桥为木头桥，而不是石头桥，......。眼前的画卷与印象与记录一步步吻合，他不敢相信，张择端的《清明上河图》真迹竟然在这批文物中。他立即对此进行了认真的艺术鉴定，最终确认，此画是张择端的真迹，他郑重地写上了鉴别结论。自此《清明上河图》真迹经历几百年淹没，重新恢复了它本来面目。这就是“国宝遇到国眼”的佳话来历 。 派到东北文化部工作以后，由于工作关系，杨仁恺经常到北京硫璃场，每次进京，荣宝斋是他必去之地。1963年的一个夏日，杨仁恺午睡时被人唤醒。一个外地青年，拿来一些碎纸片，去过很多地方，无人能辨识，也无人敢买。说好像是清宫的书画，请杨先生前去鉴定。
正在荣宝斋里间午间休息的杨仁恺一听“书画”二字，睡意全消，马上来到荣宝斋门市部。这位青年由于屡次碰壁，只要一千余元。杨仁恺翻看那些碎纸片这包碎纸片，果然是国宝。他感觉事情背后不那么简单，但青年人好象有难言之隐不便开口，杨仁恺便嘱咐工作人员付钱给他并留下地址联系，年轻人领了钱很快就消失了。整整一下午，杨仁恺没动地方，拼凑整理出37件书画，且多是精品和孤本。其中最完整的是北宋陈亚之的《自书诗稿》，上面有司马光、苏轼等大家的题跋，是有名的传世孤本。最让杨仁恺兴奋的是，发现了北宋四大书法家之一米芾的代表作《苕溪诗》。事后，杨仁恺按照地址让人寻找该年轻人，发现地址是假的。荣宝斋把这批国宝赠给了故宫博物院。
几年后，这位年轻人又拿来一包碎纸片来到荣宝斋。天缘巧合，这天，杨先生又在荣宝斋作客，也增值中午午间休息。工作人员请来午睡中的杨先生来辨识碎片的真伪，杨仁恺惊奇发现，这些都是国宝，他层多年苦寻中的故宫散失书画中的一些作品碎片。在这背后又有一些未为世人所知的故事逐渐显露出来。后来成为脍炙人口广为流传的传奇佳话。 杨仁恺先生与邓拓相交甚早，感情笃深。“文革”中，文物鉴赏家杨仁恺被造反派说成是邓拓的走卒，三次抄家，多次批斗，一个耳光打得他视网膜脱落，而且不准他住院，杨老的右眼从此失明，左眼视力也只有零点几。
那位一耳光打瞎了杨老右眼的青年，在杨老重回岗位担任博物馆副馆长之后，仍然在杨老手下工作。一次调薪，在提薪名单中有这个青年的名字，“杨馆长能不能同意?”办公室主任犹豫了好长时间，才拿着名单找到杨仁恺，杨仁恺毫没犹豫：“我同意，上报吧。而对待《聊斋志异》原稿问题上，在权威否定下，他坚持真理，获取更多参照与物证，参照蒲松龄《古风诗》手迹，考证《聊斋志异》原稿为真迹 。（全国优秀作文选（美文精粹）第8期）
