椚丘中学3年E班，是一间暗杀教室，而这里的班主任正是炸掉了月球，并扬言第二年3月要将地球也炸掉的超生物“杀老师”！ 政府委托E班全员暗杀杀老师，成功的报酬是100亿日元。于是各路同学想尽办法在保密的情况下进行暗杀老师的计划，这场教师与学生之间的非日常学园生活开始了……
三年E班的学生杉野使用其特长的棒球对杀老师进行暗杀，结果却失败了，因此杉野丧失了自信。为了鼓励杉野，杀老师特意去纽约看棒球比赛，并告诉杉野他的优势之处，重拾信心的杉野朝决定用自己独有的招式打败杀老师。暗杀行动仍在继续，渚逐渐发现了杀老师的弱点，并将其弱点一一记录下来。
由于杀老师的体育教学太过异次元，精锐部队出身的乌间担任起三年E班的体育老师，第一节课就让同学们大玩匕首。此时停学期满的赤羽业回到了三年E班，从开始至今没人能对杀老师的触手造成伤害，没想到业与杀老师第一次见面就轻易破坏了触手（将制作匕首的材料裁成细条，粘在手心。与杀老师握手时将杀老师触手破坏）。不过杀老师领教业的手段后，将业的暗杀行动一一化解。
杀老师英雄救美，帮助了一位金发御姐。没想到这位御姐竟是3年E班新来的外语老师，名叫伊莉娜·叶拉维琪。伊莉娜缠上了杀老师，面对美色杀老师竟然害羞变成了粉红色。而伊莉娜其实是政府派遣的杀手，她一到任就设下了自己擅长的甜蜜陷阱，伊莉娜准备利用美人计及各种机枪将杀老师暗杀，不过依旧没有成功。
化学课堂上，不善言辞的奥田突然拜托杀老师喝下自己研制的毒药。面对奥田的真心请求，杀老师一连喝下好几种特制毒药，但杀老师除了颜艺变化再无其他。
作为椚丘学院最高支配者的浅野学峰来到了E班，他提出了让E班保持现状的要求，而同学们面对杀老师的拼命补习也觉得没有必要，这让杀老师彻底暴怒。杀老师将要确认同学们是否有暗杀自己的资格，而考验就在明天的期中考试，被要求考进年级前50名的同学们在考场上与试题展开了较量
三年E班迎来了期待已久的修学旅行，然而这次的京都之行也是暗杀杀老师的任务之一。修学旅行接近尾声，学生们依照计划要在职业狙击手的协助之下暗杀杀老师。外号“红眼”的狙击手全程设下各种埋伏，但面对非人类且战斗力爆表的杀老师还是毫无办法。被彻底打击的红眼放弃暗杀，在与杀老师畅谈后，决定重新历练自己。
三年E班迎来疑似刺客的转学生，但在教室里等着E班学生的并不是人类，而是名为“自律思考固定炮台”的超智能机器人！自律思考固定炮台的任务是始终瞄准杀老师进行攻击，但杀老师却对这位刺客毫不在意。此时蓄力已久的自律思考固定炮台终于对正在上课的杀老师进行连续弹击。最终被杀老师的自主研发进行了985项改造，耗资20万日元。后被开发者将其改造删除、拆卸和格式化，但被小律在删除前自主保存起来，在E班和同学们进行着愉快的校园生活。
同学们从律那里得知新来的转校生是个厉害的角色，由监护人白带来的堀部营轻易便打破了教室的墙壁，在听到小营和杀老师是兄弟后同学们都想入非非。放学后的比试让同学们了解到了兄弟的真正含义，瞬间斩断杀老师触手的小营竟也拥有触手，看到糸成头发里伸出的触手后杀老师露出了愤怒的表情。
