虽然我不是北林的，不过是环工的研究生，既然没有北林的学长解答，我就说说吧。
国内所谓学术型硕士和专业型硕士的区分是学习国际普遍做法，一般国外大学的研究生分两类：research和curriculum，就是研究型和课程型。九成以上的出国留学生都选择课程型，原因很简单，时间短，一到两年即可，而且只是上课，修够学分即可毕业。而研究型一般是三年，除了要上研究生的课程以外，还要进入实验室进行科研研究，并写作毕业论文。
中国学习了这种国际流行的区分，但是并没有认真学习区分所代表的含义。因此，很明确的告诉你，不用像出国留学那样认真选择，你可以随便选，没有什么本质上的区别，我们学术的跟专业的都是要上课，然后做实验，写论文，毕业。
本质的区别没有，不过小区别还是有些的：
课程不尽相同，但是并没有什么很大的影响，关键课程都是要学的。像我们大约10门有2门不同，而且所谓不同只是必修科目的不同，所以说如果你想学完全可以把那门课选为你的选修，或者不选直接去听，都能学到，没什么区别，学分我们学校是一样的，不知道北林什么情况。
国家资助名额不同，这个应该算是国内学术型和专业型最实质性的区别了，研究生都有一部分比例是国家资助的，不用交学费加每月补贴，我们学校的名额分配比例大约3比1，而且我知道很多学校也都是这样，所以如果你有把握就报学硕，这样拿到资助的机会会大很多。
学习时间可能不同，我们学校学术和专业时间是一样的，一起入学一起毕业，不过我听说过有些学校学术的会多一些，不过也只是多半年，多一年的就没听说过，北林什么情况就不知道了，总的来说应该都不会超过三年。
可能有些导师会更喜欢学硕的学生，这个不可避免，因为理论上成绩好的都会报学硕，但是这个不同导师的差别还是很大的，有些导师就不在乎这些。与此相关的是，可能有些导师既带学术又带专业，却不同要求，比如要求学术的必须发表文章才能毕业，这也是因导师而异的。
最后这个拿不准，因为我还没拿到毕业证，学位证，maybe证书上会有点不同，但是这个完全不用担心，因为申博的话，导师不会在乎你有没有毕业证，而是在乎你有没有文章，工作的话，HR都未必知道中国研究生还有学术型和专业型之分。