山神庙
李逍遥被传送到离家不远的山神庙，见到了十年前的自己。才9岁的他说山神庙里来了一位受伤的老婆婆和一位小女孩。李逍遥进去一看，原来是姥姥和灵儿逃难至此。姥姥给他带一条凤纹手绢作为信物，到港边找接应的人。
小镇·港口
李逍遥来到港口，一位船上的商人认得这条凤纹手绢，原来他就是灵月宫主所变。灵月宫主带姥姥和灵儿回仙灵岛躲藏。行前她告诉李逍遥有一种叫做回魂仙梦的法术能够使人在梦中看到过去，如果想要结束这个梦，只要满足做梦之人心底的愿望即可回到现实。
山神庙
李逍遥在从山神庙西南小路的树下小箱子中见到一颗很特别的小珠子，9岁的李逍遥过来阻止，说这颗珠子是父亲送给他的，李逍遥和小时候的自己商量，以一柄木剑交换这颗水灵珠。身上没有木剑，可到小镇港口处的木匠铺里买一把。
大理城·女娲神殿
得到水灵珠后，李逍遥又重回女娲神殿的石像前，见到阿奴正在为他的安危祷告。原来他已失踪一个月了，小凤凰也已经出生了。
苗疆·圣姑家
李逍遥将取得的凤凰蛋壳和麒麟角交给圣姑，数月后灵儿顺利生下一个女儿，取名为忆如，以纪念月如。圣姑要李逍遥到试炼窟中抓36只傀儡虫回来。
苗疆·试炼窟
从大理城外向东南方向走可到试炼窟。半道上李逍遥遇见盖罗娇正在训练五毒兽以对抗黑苗族，为避免秘密泄漏，想杀人灭口，李逍遥不得已只好出手还击，打败她后，阿奴出现阻止盖娇奴再度拼命。盖罗娇离去后，李逍遥和阿奴一起进入试炼窟。阿奴提到传说试炼窟深处有女娲的陵墓，但没有人能够到达。李逍遥一边打败怪物，获得傀儡虫，一边往地底深处走，在女娲陵墓外放置兵马俑的大厅西南方找到一个幻像墙，穿墙而过后，先到北边的石室取得芦苇漂，再到南边水道使用芦苇漂，经过一个水上迷宫，就到了女娲陵墓。在此可得到玄冥宝刀，无尘剑、金罡珠、冥蛇杖等至宝，并可以学到土神。
阿奴没找到水灵珠，失望地离开树洞，带李逍遥进入大理城，伺机进入麒麟洞。大理城是白苗族首府，为了抵抗黑苗族的进攻，目前呈现剑拔弩张的警戒状态。火眼麒麟是白苗族的圣兽，未经族长允许，两人当然不得入内。阿奴先去找她母亲白苗族长，族长正在开会商量如何对抗黑苗族，没时间和阿奴长谈。阿奴离开会议厅，正好遇见守卫麒麟洞的士兵正好抓到一位奸细前来报告，因此心生一计，回到麒麟洞前，骗走另一位士兵，和李逍遥进入麒麟洞。
大理城·麒麟洞
李逍遥和阿奴在洞中找到火眼麒麟，阿奴调皮，去揪正在睡觉的火眼麒麟的胡子，醒来的火眼麒麟与李逍遥打了起来。击败的火眼麒麟化成人形，问李逍遥的来意，知道灵儿是女娲后裔，很大方地拔下一支角送给李逍遥，并要李逍遥到大理城中女娲神殿走一趟。
大理城·女娲神殿
女娲神殿是白苗族祭祀女娲女神的地方，殿中蛇尾人身石像据说是十年前大水灾时带来的，因其与女娲神形似，故在神殿里供人祭拜。李逍遥见石像容貌与灵儿极为相似。不由得向前察看，却被传送到一个地方，在此见到灵儿的母亲巫后，才知石像是巫后所变。巫后问明李逍遥对灵儿的情意后，就将他传送到十年前的南绍城。
南绍城·黑苗族王宫
李逍遥被传送到一处郊野，见到数名黑苗族士兵奉拜月教主之命，正在追杀正带年仅6岁的灵儿逃离苗疆的姥姥。李逍遥杀死这些士兵，姥姥向她道谢后带灵儿乘凤凰离开。随后又有另一批黑苗士兵来到，李逍遥再次打败这些黑苗士兵，为避免麻烦，李逍遥也换上黑苗服装。向西走看到一艘小船，船上的黑苗士兵要他一起到王宫集合。南绍城此时为大水所淹，拜月教主认为是巫后所为，鼓动士兵胁迫巫王处死巫后。李逍遥潜入王宫中的监牢见到被囚禁的巫后，巫后要他到王宫地下宫殿取回天蛇杖，以便脱困。
南绍城·地下宫殿
李逍遥告诉地下宫殿石长老一句巫王交待的暗语。进入地下宫殿取回被巫王没收的天蛇杖，将天蛇杖交给监牢中的巫后。两人正要逃离，巫王和拜月教主来到，拜月教主施法，使巫后露出蛇尾人身的原形，迫使巫后带着李逍遥逃往王宫下面的地下水道。
南绍城·地下水道
在地下水道，李逍遥和巫后遇到拜月教主带着水魔兽前来追杀。原来拜月教主破坏女娲的封印，召唤太古魔兽造成了水灾，却利用巫后不是人类而嫁祸给她。由于水魔兽遇水即生，因此只能暂时将她打败，却无法彻底消灭。巫后带着李逍遥且战且逃，终于无路可逃，最后巫后牺牲自己消灭水魔兽，而将李逍遥传送到他家附近的山神庙。
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