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ncbi构建物种进化树
如何
在NCBI
查看Arabidopsis的
系谱树
,以及Arabidopsis第1染色体上的序列...
答:
Arabidopsis第一号染色体:http://www.
ncbi
.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=3702&chr=1 不明白你那个谱系树是什么意思。是指拟南芥在所有
物种
中的位置呢,还是各种不同亚型的谱系呢?
花椰菜种质资源的创新是怎样的?
答:
进一步将两个RGA推测的蛋白序列与7个已知植物抗病基因的蛋白序列进行比较,
构建
了分子
进化树
。聚类结果表明,本研究得到的两个RGA片段应属于non-TIR-NBS-LRR型。最后,利用表观遗传学的分析方法,对致病菌胁迫前后基因组中胞嘧啶甲基化水平和甲基化模式的变异进行分析,从基因表达调控的角度探讨了抗黑腐病的分子机制。 (...
在NCBI上
比对后得到很多结果,如何将这些比对结果一下全下载下来?_百度...
答:
没有必要吧,你只要看你的结果和谁最接近就可以了,主要是坐
进化树
,或者看基因扩增是否正确,没必要全部看到
环境微生物群落heatmap图怎么画
答:
9. 单样品/ 多样品分类学系统组成树根据
NCBI
提供的已有微生物
物种
的分类学信息数据库,将测序得到的物种丰度信息回归至数据库的分类学系统关系树中,从整个分类系统上全面了解样品中所有微生物的
进化
关系和丰度差异。单样品图(图12):可以了解单样品中的序列在各个分类学水平上的分布情况。图例解读:Ø 图12中不同...
基因组可视化的实例项目
答:
基于桌面的基因组浏览器1.CGView2.Hawkeye3.MapView4.Gaggle5.
NCBI
Genome Workbench其他基于网络的基因组浏览器1 NCBI Map Viewer2 Ensembl3 UCSC Genome Browser4 UCSC Cancer Genomics Browser5 JBrowse6.UTGB其他基因组可视化相关的软件包1 Circos其他
进化树
相关的软件包1 treeview2 其他...
微生物基因序列对比差异大于多少可判定为不同种属?
答:
一般在相同的菌种中,DNA/DNA杂交的成功率高达80%以上,若低于20%基本可考虑为无关菌系,65%~80%之间的菌有较多的同源性,提示为同一属的不同种。但如结果在20%~25%范围时则难以作出判断,应并用其它方法分析确定 3.对属或属以上水平的分类则采用DNA/rRNA杂交,因为rRNA在
进化
过程中保守性更强...
求助:关于生物信息学的技能
答:
对计算机知识没什么特殊要求的,根据你的研究内容学习一些生物学软件或者数据库的使用就行,比如可以比对序列画
进化树
的MEGA4,设计引物的Primer Premier等,还要学会使用一些生物学网站,比较常用的
NCBI
,还有专门的人类基因组数据网站、水稻数据网站之类的看你具体做哪方面的分析。
学过生物信息学的进~!!
答:
是啊,一般软件是要导入fasta格式的,你要进行多序列对比,可以把“ORIGIN”的一大串序列复制到记事本上,记得要在前面加>号
对16S rRNA可以进行哪些分析(包括方法)??
答:
Compute pI/Mw)2.分析蛋白质的基本物理化学性质:ExPASy(ProtParam)3.分析蛋白质的亲水性和疏水性:ExPASy(ProtScale)4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物:ExPASy(PeptideMass) 5.分析蛋白质的信号肽:ExPASy(SignalP)6.预测蛋白质的二级结构:ExPASy(Jpred 3)多
物种
分子...
请各位大侠预测一下这个蛋白序列的保守功能域并确定是哪个基因的编码产...
答:
PF00107: 162 - 304 ADH_zinc_N IPR013154: Alcohol dehydrogenase GroES-like, Domain PF08240: 30 - 116 ADH_N 根据这个预测结果和blast的结果(swissprot database)这个蛋白至少是Zinc-binding alcohol dehydrogenase domain-containing protein应该是结合锌离子的乙醇脱氢酶活性。可能是某个
物种
的乙醇...
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