我想看到你的预测结果最好有图,不要只给网址,我在线预测过,各网站结果不一样,有的网站结果还变隔两天提交就变了如SMART,谢谢各位大侠了,若嫌分数不够,以身相许也可(开个玩笑)。如有问题可以联系我。蛋白序列:MAISETNYGLIRKATGVAALERIPVPTLPDDYLLIRVVAVAVNPTDWTTLDAPGDDGTLVGCDWAGTVEEIGPKVKKAFKIGERVAGFAHGGNDARPQTGAFAKFIINKGDTVIRVPDHVPWEAAASVPCAIGTMGLGLFKFLSIPFPGLESIQTTEASQDDNKTVLIYGGSTATGTIAIQFAKMAGYTVVTTASPKHFDLAKSRGADLVFDYHSPTVGEDIRKATDDKLIKVLDTVSKESSAKISAEALSSKGGTYVNLLGEYDAPRSDVESIFFLVYGITGEKYIFEGKHWEAQPTYYEFATTFFPIVEKLWAEGKWTEHPREVRPGGLIGVLDGMKDMKEGKISGYKLLYRVDETKWPQ
回答一下吧,还可以增分的,嗯,是菌的,NCBI,blast得到的是另一个名字,Zn-binding 氧化还原酶...,属于哪个家族也不同,结构域同源比对,系统进化树构建还需要吗?动植物中都没有与这个同源高的基因。功能研究应该怎样做?谢谢回答。
保守功能域(conserved domains)
IPR013149: Alcohol dehydrogenase, zinc-binding, Domain
PF00107: 162 - 304 ADH_zinc_N
IPR013154: Alcohol dehydrogenase GroES-like, Domain
PF08240: 30 - 116 ADH_N
根据这个预测结果和blast的结果(swissprot database)这个蛋白至少是Zinc-binding alcohol dehydrogenase domain-containing
protein应该是结合锌离子的乙醇脱氢酶活性。可能是某个物种的乙醇脱氢酶,并且可能是低等生物的。空间结构的预测还在进行中,可惜我要下班了,明天再给你好了。 三级结构
TARGET 3 ISET NYGLIRKATG VAALE-RIPV PTLPDDYLLI RVVAVAVNPT3b70A 4 qpfi--pppq qtaltvndhd evtvwnaapc pmlprdqvyv rveavainps TARGET sssssss sssss ss ssssss sssssss h3b70A ssssss sssss ssssss sssssss hTARGET 46 DWTTLDAPGD DGTLVGCDWA GTVEEIGPKV KKAFKIGERV AGFAHGGNDA3b70A 52 dtkmrgqfat pwaflgtdya gtvvavgsdv -thiqvgdrv ygaqnemcpr TARGET hh ssss sssssssss sss ssss 3b70A hh ssss sssssssss sss ssss TARGET 96 RPQTGAFAKF IINKGDTVIR VPDHVPWEAA ASVPCAIGTM GLGLFKFLSI3b70A 101 tpdqgafsqy tvtrgrvwak ipkglsfeqa aalpagista glamkllg-l TARGET ssss sss ssss s hhhh hhhhhhhhhh hhhhhhh 3b70A ssss sss ssss s hhhh hhhhhhhhhh hhhhhhh TARGET 146 PFPGLESIQT TEASQDDNKT VLIYGGSTAT GTIAIQFAKM AGYTVVTTAS3b70A 150 plp--spsad qppthskpvy vlvyggstat atvtmqmlrl sgyipiatcs TARGET ss sssss hh hhhhhhhhhh h ssssss 3b70A ss sssss hh hhhhhhhhhh h ssssss TARGET 196 PKHFDLAKSR GADLVFDYHS PTVGEDIRKA TDDKLIKVLD TVSKESSAKI3b70A 198 phnfdlaksr gaeevfdyra pnlaqtirty tknnlryald citnvesttf TARGET hhhhhhh sss hhhhhhh sssss s hhhhhh3b70A hhhhhh sss hhhhhhh sssss s hhhhhhTARGET 246 SAEALSSKGG TYVNLLGEYD APRSDVESIF FLVYGITGEK YIFEGK-HWE3b70A 248 cfaaigragg hyvslnpfpe trk-mvttdw tlgptifgeg stwpapygrp TARGET hhhh s sssss ssssss s hhh 3b70A hhhh s sssss ssssss s hhh TARGET 295 AQPTYYEFAT TFFPIVEKLW AEGKWTEHPR EVRPGGLIGV LDGMKDMKEG3b70A 300 gseeerqfge dlwriagqlv edgrlvhhpl rvvqggfdhi kqgmelvrkg TARGET hhhhhhhh hhhhhhhhhh h ss sssss hhhh hhhhhhhh 3b70A hhhhhhhh hhhhhhhhhh h ss sssss hhhh hhhhhhhh TARGET 345 KISGYKLLYR VDET 3b70A 350 elsgeklvvr legp- TARGET sssss ss 3b70A sssss ss
我不知道你到底要研究这个基因的什么?是它的分子进化还是它的功能研究?如果是前者,那么结构域的比对和系统进化分析是必须要做的,建议再从基因结构上考虑下,这个基本上就是乙醇脱氢酶在原核生物里的counterpart了,如果是后者,那么参考下别人是怎么研究的,多看点文献,比到在这里问好,自己弄明白的印象才最深刻。