请各位大侠预测一下这个蛋白序列的保守功能域并确定是哪个基因的编码产物?

我想看到你的预测结果最好有图,不要只给网址,我在线预测过,各网站结果不一样,有的网站结果还变隔两天提交就变了如SMART,谢谢各位大侠了,若嫌分数不够,以身相许也可(开个玩笑)。如有问题可以联系我。蛋白序列:MAISETNYGLIRKATGVAALERIPVPTLPDDYLLIRVVAVAVNPTDWTTLDAPGDDGTLVGCDWAGTVEEIGPKVKKAFKIGERVAGFAHGGNDARPQTGAFAKFIINKGDTVIRVPDHVPWEAAASVPCAIGTMGLGLFKFLSIPFPGLESIQTTEASQDDNKTVLIYGGSTATGTIAIQFAKMAGYTVVTTASPKHFDLAKSRGADLVFDYHSPTVGEDIRKATDDKLIKVLDTVSKESSAKISAEALSSKGGTYVNLLGEYDAPRSDVESIFFLVYGITGEKYIFEGKHWEAQPTYYEFATTFFPIVEKLWAEGKWTEHPREVRPGGLIGVLDGMKDMKEGKISGYKLLYRVDETKWPQ
回答一下吧,还可以增分的,嗯,是菌的,NCBI,blast得到的是另一个名字,Zn-binding 氧化还原酶...,属于哪个家族也不同,结构域同源比对,系统进化树构建还需要吗?动植物中都没有与这个同源高的基因。功能研究应该怎样做?谢谢回答。

第1个回答  2010-06-25

保守功能域(conserved domains)

IPR013149: Alcohol dehydrogenase, zinc-binding, Domain

  PF00107: 162 - 304 ADH_zinc_N

IPR013154: Alcohol dehydrogenase GroES-like, Domain

  PF08240: 30 - 116 ADH_N

根据这个预测结果和blast的结果(swissprot database)这个蛋白至少是Zinc-binding alcohol dehydrogenase domain-containing 

protein应该是结合锌离子的乙醇脱氢酶活性。可能是某个物种的乙醇脱氢酶,并且可能是低等生物的。空间结构的预测还在进行中,可惜我要下班了,明天再给你好了。 三级结构

TARGET    3           ISET NYGLIRKATG VAALE-RIPV PTLPDDYLLI RVVAVAVNPT3b70A     4     qpfi--pppq qtaltvndhd evtvwnaapc pmlprdqvyv rveavainps                                                                      TARGET                     sssssss    sssss ss       ssssss sssssss  h3b70A                       ssssss    sssss          ssssss sssssss  hTARGET    46    DWTTLDAPGD DGTLVGCDWA GTVEEIGPKV KKAFKIGERV AGFAHGGNDA3b70A     52    dtkmrgqfat pwaflgtdya gtvvavgsdv -thiqvgdrv ygaqnemcpr                                                                      TARGET          hh               ssss sssssssss         sss ssss      3b70A           hh               ssss sssssssss         sss ssss      TARGET    96    RPQTGAFAKF IINKGDTVIR VPDHVPWEAA ASVPCAIGTM GLGLFKFLSI3b70A     101   tpdqgafsqy tvtrgrvwak ipkglsfeqa aalpagista glamkllg-l                                                                      TARGET                ssss sss   ssss s     hhhh hhhhhhhhhh hhhhhhh   3b70A                 ssss sss   ssss s     hhhh hhhhhhhhhh hhhhhhh   TARGET    146   PFPGLESIQT TEASQDDNKT VLIYGGSTAT GTIAIQFAKM AGYTVVTTAS3b70A     150   plp--spsad qppthskpvy vlvyggstat atvtmqmlrl sgyipiatcs                                                                      TARGET                             ss sssss   hh hhhhhhhhhh h  ssssss 3b70A                              ss sssss   hh hhhhhhhhhh h  ssssss TARGET    196   PKHFDLAKSR GADLVFDYHS PTVGEDIRKA TDDKLIKVLD TVSKESSAKI3b70A     198   phnfdlaksr gaeevfdyra pnlaqtirty tknnlryald citnvesttf                                                                      TARGET             hhhhhhh    sss        hhhhhhh      sssss s   hhhhhh3b70A               hhhhhh    sss        hhhhhhh      sssss s   hhhhhhTARGET    246   SAEALSSKGG TYVNLLGEYD APRSDVESIF FLVYGITGEK YIFEGK-HWE3b70A     248   cfaaigragg hyvslnpfpe trk-mvttdw tlgptifgeg stwpapygrp                                                                      TARGET          hhhh     s sssss          ssssss s  hhh               3b70A           hhhh     s sssss          ssssss s  hhh               TARGET    295   AQPTYYEFAT TFFPIVEKLW AEGKWTEHPR EVRPGGLIGV LDGMKDMKEG3b70A     300   gseeerqfge dlwriagqlv edgrlvhhpl rvvqggfdhi kqgmelvrkg                                                                      TARGET            hhhhhhhh hhhhhhhhhh h       ss sssss hhhh hhhhhhhh  3b70A             hhhhhhhh hhhhhhhhhh h       ss sssss hhhh hhhhhhhh  TARGET    345   KISGYKLLYR VDET                                       3b70A     350   elsgeklvvr legp-                                                                                                            TARGET               sssss ss                                         3b70A                sssss ss 

我不知道你到底要研究这个基因的什么?是它的分子进化还是它的功能研究?如果是前者,那么结构域的比对和系统进化分析是必须要做的,建议再从基因结构上考虑下,这个基本上就是乙醇脱氢酶在原核生物里的counterpart了,如果是后者,那么参考下别人是怎么研究的,多看点文献,比到在这里问好,自己弄明白的印象才最深刻。

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