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ncbi构建物种进化树
怎么用
ncbi构建
不同
物种
的
进化
关系
答:
1、打开
NCBI
gene数据库(https://www.
ncbi
.nlm.nih.gov/gene/)。将所要查询的基因名称输进去即可。选择对应
物种
,例如此处分析人,选择Homosapiens,选择要分析的序列,本文分析蛋白序列,点击NP链接,若要分析mRNA序列,点NM即可。2、转进来后点击FASTA后即可看到该基因的蛋白序列,通过右上方sendto发送...
NCBI
的使用和
进化树构建
求助
答:
这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于
构建进化树
。利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地,通过本地程序或脚本搜索文本,来建立gi 号与Taxid 之间的联系(图)。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序,通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。第二种方法...
【求助/交流】请问如何用
NCBI
进行
进化树
和同源性比较?
答:
swingman8(站内联系TA)
NCBI
,用blast寻找相似序列,只能说是相似性比较,用软件构件
进化树
才能分析同源性,应该是这样,我现在的问题是会画树,不会分析,急死人啊新人小玥(站内联系TA)用clusterW或clusterX进行多重比对,得到的数据可以用MAGA来做树。用clusterW或clusterX进行多重比对,得到的数据可以...
如何绘出高颜值的
进化树
答:
下个mega4.1 去
NCBI
或者Eztaxon或者或者其他能链接到数据库地方下载一些细菌的16sDNA序列。然后用mega比对就可以做一个
系统树
了。比如可以做一个假单胞菌属的系统发育树,选择几个假单胞菌的序列,选择合适的计算方法,用软件计算出系统树。记得还要放一个属外种作为参考啊。别指望有多人回答,这里大多...
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83
构建进化树
答:
用MEGA
构建进化树
有以下步骤:1、测序:将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。2、
NCBI上
做Blast 找到相似度最高的几个序列,确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属,如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个,然后寻找相似性最高的细菌,通常把该属的序列(Fasta格式...
...用
NCBI
怎样检索出它的菌属,还有
构建
系统
进化树
答:
http://www.
ncbi
.nlm.nih.gov/ 输入序列 然后fasta得出近源的序列 输出fasta格式的文件 下载mega5,(http://www.megasoftware.net/)多序列对比,建树(具体百度mega5)
mega7
进化树
显示不全
答:
进化树的构建方法:1、
在NCBI上
搜索所需的目的序列。2、以Metallothionein(MT)为例,将所需目的序列复制到Word上。3、下一步用MEGA7
构建进化树
。首先打开MEGA,然后点击Align,点击Edit/BuildAlignment,然后在弹出的小框中选择Createanewalignment,点击OK,根据你的需求选择Protein或DNA,如果比对的是核酸...
建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值
答:
三、
构建进化树
1.N-J法建树依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。具体步骤如下:(1)打开seqboot.exe输入文件名:输入你用CLASTAL X生成的PHY文件(*.phy)。R为bootstrap的次数,一般为1000 (设你输入的值为M,即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中...
MEGA4.1怎么做
进化树
?
答:
MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用于序列比对、
进化树
的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络(
NCBI
)进行序列的比对和数据的搜索。打开软件 选择Alignment —- Alignment Explorer/CLUSTAL,出现一个对话框:根据提示内容,进行选择,...
我有一基因序列,怎样做系统
进化
发育树?
答:
首先要用你的序列blast,比较一下同源性,看看哪些同源性较高,下载同源性高的序列可以用软件自动生成,系统
进化树
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涓嬩竴椤
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