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冻存的细胞去转录组测序
冻存
样品对单
细胞测序
影响大吗?
答:
研究发现,将这3个器官的完整组织块保存在4摄氏度的HypoThermosol FRS中24h或72h(大部分样品是保存72h),再进行普通和10x 3’富集单
细胞转录组测序
,转录图谱几乎没有影响。scRNA-seq得到的群体多样性结果未随冷冻时间变长而发生变化。该方案应该很容易被许多临床机构采用,并允许至少24小时的时间窗口以便将样本运送给合作...
单
细胞
核
转录组测序
答:
单
细胞
核
转录组测序
(Single Nuclei RNA Sequencing,snRNA-seq):通过提取样本单细胞核,然后分离、标记细胞核,在单细胞水平研究核基因表达检测的技术。为脑组织、心脏、肾脏等复杂组织或一些珍稀
冻存
样品 提供了单细胞水平研究应用平台,可挖掘更多潜在的致病细胞类型,更易于探讨肿瘤细胞异质性和致病机理...
转录组测序
之各类样品如何取样
答:
用RNase-free水对样品表面进行快速清洗,然后迅速切割成规定的大小(约黄豆粒),将样品完全浸没在RNA保护剂中,可以置于4℃中过夜(使保护剂渗透进组织中),转移至-80℃冰箱保存。3. 细胞样品 :
转录组测序
中,细胞一定要达到足够的数量,以保证抽提的RNA的量。所以对于培养
的细胞
系,首先要确定细胞数...
用于
转录组测序
的样品有什么要求?
答:
必须新鲜立即
冻存
,是为了防止其中的RNA被降解,
转录组
就是测RNA,室温下放置一段时间基本就废了,就算你送去测,
测序
公司也会到时候说你的样品不合格
scRNA-seq和snRNA-seq有什么区别?
答:
在单
细胞
研究的舞台上,scRNA-seq(单细胞RNA
测序
)与snRNA-seq(单核RNA测序)像是两把利剑,各自瞄准不同的挑战。scRNA-seq因其广泛的应用范围和基因丰富度而备受瞩目,但
冻存
样本的处理对其结果影响显著。相比之下,snRNA-seq通过关注细胞核
转录
,巧妙地绕过了解离和转录偏差,尤其适合冻存样本,却牺牲...
单
细胞
+空间
转录组
,这套思路够你用到2022!
答:
所以在样本准备时候,就要将组织一分为二,一半用来做单
细胞
,另外一半
冻存
起来为空间
转录组
做好备份。 小鼠样本组织通常都比较小,实施起来比较麻烦,可以选择一只小鼠做单细胞,另取一只小鼠做空间。小鼠模型的背景均一性较好,这样操作也可以。但是对于肿瘤样本,建议最好还是在同一个样本同时进行单细胞和空间转录组。 最...
FFPE空间
转录组
技术原理及优势
答:
一、FFPE空间
转录组
技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题,针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜
冻存
组织样本一样利用完整...
单
细胞测序
样本制备系列经验分享— 脑组织抽核篇
答:
脑/神经组织抽核实验流程 1.样本置于干冰中转移至室验台;2.用镊子从
冻存
管中取出组织,放入研磨器研磨,至视检无明显的组织团块;3.研磨后组织于裂解液中冰上裂解3-20 min(裂解时间根据组织类型及裂解液的种类不同有所差异);4.裂解后的悬液通过30um的滤筛;5.滤液离心清洗一次;6.密度梯度...
10X 单
细胞
基因表达样本制备指南
答:
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细胞转录组
学是阐明复杂生物系统的一种强大工具,让您能够逐个细胞地研究基因表达动态。通过生成细胞群体的单细胞图谱,单细胞RNA
测序
(scRNAseq)能够解析复杂样本中不同类型细胞之间的特定差异。单细胞基因表达谱分析带来了疾病发展过程中有关细胞进程的重要见解 。scRNA-seq 技...
科普讲堂 | RNA样本提取与判读的方法及常见问题分析
答:
④ lncRNA和circRNA测序: rRNA
去除
方式建库,样本降解影响小。原核污染对各个测序项目的影响 ①
转录组测序
: 一般不影响数据,轻微污染时可无视,污染较严重时需增加建库起始量;②micRNA测序: 对数据影响较小,一般是按污染比例对数据的比对率和有效数据量产生影响,轻微污染时可无视,污染...
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