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做转录组的目的
为啥
转录组
测序需要一定的样本量
答:
1、检测基因表达的可靠性和准确性:转录组测序的目的是检测基因的表达水平
,样本量不足会影响测序结果的可靠性和准确性。足够的样本量可以提供更全面的基因表达信息,减少误差和假阳性结果。2、
克服样本异质性
:不同个体或组织之间的基因表达存在差异,即使同一组织或个体在不同状态或时间点上也会有所不同...
单细胞+空间
转录组
,这套思路够你用到2022!
答:
这个时候,基于经费的考虑,可以先选择一个处理组的样本做空间转录组,拿到有意思的结果之后,
可以慢慢补充其他处理组样本的空间结果
。 至于对照组的空间结果是否需要补充,这个后面会提及。 关于单细胞联合空间转录组的样本设计,还有一个很重要的点,是否需要对同一个样本同时进行单细胞和空间?这个问题,必须在一开始就想清...
空间
转录组
技术的应用
答:
空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是一种革命性的技术,
它允许研究者不仅能够了解组织中哪些基因在表达,还能了解它们在组织中的确切位置
。这种技术结合了成像和基因表达分析,可以在单细胞水平上解析组织样本的空间分布模式。应用领域:一、肿瘤生物学:1.肿瘤微环境研究:空间转录组学可以揭示肿瘤和周围...
瞬息万变不过RNA——
转录组
测序常见问题集锦
答:
转录组
测序(即RNA-seq)是RNA研究很重要的手段,研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的RNA情况。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物...
转载---[
转录组
] 转录组专题——关于样本重复性问题小技巧
答:
目前,转录组测序仍是应用最广的高通量测序技术之一,很多研究课题是关于基因表达潜在的机制,并已经发现了一些现象,但分子机制还不清楚。而
做转录组
测序特别适合用于分子机制探究,可以获得样本中几乎所有的mRNA信息。关于转录组领域的研究,应用范围极为广泛。如可研究同一个体不同组织之间的基因表达差异;或者不同的外界处理...
你好,想请教一下,DEG测序跟
转录组
测序的区别是?觉得转录组测序好像也能...
答:
都是用二代测序的技术来对RNA进行测序,但实验
目的
和前期样本处理是不同的。
转录组
测序,是指对样本的mRNA或者非编码RNA进行二代测序,可以获得转录本基因的表达量以及不同样本间的表达量的差异,还可以研究转录本基因的结构,研究可变剪切,也可以发现新的转录本。而DGE的话,只是用于获得转录本的表达量...
全
转录组
测序可以选近缘物种作为参考基因组吗
答:
作为参考。对于无参考基因
组的
物种则只能参考相近物种的
转录组
大小。转录组测序所需的测序量随研究
目的
的不同而有所差异。目前,为保证数据分析结果的可靠性和准确性,推荐转录组测序采用最低4Gb clean data进行后续分析,如果想检测到低丰度的转录本推荐采用8Gb clean data。
常规
转录组
测序和数字基因表达谱测序(RNA-seq)有什么不同?初接触,很多...
答:
基本
目的
是类似的。不同之处在于测序的模板序列,前者是直接随机测序cDNA库,后者是先把模板按照一定方法打断(例如酶切或其他),只从打断位置开始测序,测序片段短,但相应深度更高。如果你已经有参考基因组,使用所谓“表达谱”测序是可以的。此外,表达谱方法更便宜,但个人觉得适用性不如
转录组
广泛,...
转录组
学分析的流程?
答:
结果解释和验证:解释分析结果并进行验证。这可能涉及到进一步的实验验证,如实时定量PCR(qPCR)验证差异表达基因;或进行功能实验验证,如基因敲除、过表达、RNA干扰等.
转录组
学分析流程因实验
目的
、技术平台和数据分析方法的不同而略有差异,但总体上是以上的基本步骤。这些步骤的设计和选择应根据研究问题...
转录组
时间序列数据处理
答:
这个包只能进行聚类,是找不了有处理对照
组的
差异基因的。需要注意。 运行masigpro 主要有四步: 有两点内容需要注意:对于无对照的单一时序数据处理方法;以及处理
转录
数据时的特殊参数。因为这个包不会对数据进行标准化,所以应该提前做好,使用 DESeq2 即可。 另外,在实际分析的时候可能会出现 glm.fit: algorithm did...
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