一、作用不同
1、农药：指农业上用于防治病虫害及调节植物生长的化学药剂。
2、肥料：提供一种或一种以上植物必需的营养元素，改善土壤性质、提高土壤肥力水平的一类物质。
二、用途不同
1、农药：广泛用于农林牧业生产、环境和家庭卫生除害防疫、工业品防霉与防蛀等。
2、肥料：用于作物缺乏营养而导致的病变，以及作物土壤贫瘠情况。
三、类型不同
1、农药：液体或固体形态和气体。
2、肥料：有机肥料、大量元素水溶性肥料等；包括磷酸铵类肥料、大量元素水溶性肥料、中量元素肥料、生物肥料、有机肥料、多维场能浓缩有机肥等。
参考资料来源：
百度百科-肥料
百度百科-农药