南京市环境保护局是南京市人民政府的重要工作部门，根据省委、省政府的机构改革文件设立，负责全市的环境保护管理工作。其主要职责包括:
执行国家和省的环保政策，制定地方性法规，编制环境保护规划，监督实施污染防治和生态修复规划，负责重大发展规划的环境影响评价。
协调和监督重大环境问题处理，指导突发环境事件应急处理，管理城乡环境整治和环保责任制，落实国家的减排目标和排放总量控制。
负责固定资产投资建议和资金管理，实施环保预审、环境影响评价，推进清洁生产和循环经济，监督污染源排污情况和环保法规执行。
保护自然环境和农村生态，管理水源地和生态保护，监督辐射安全，负责环境监测和科技管理，推动环保宣传教育和公众参与。
领导区县环保工作，负责局机关及直属单位的组织、宣传等事务，并处理市委、市政府交办的其他事项。