一、性质不同
1、工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位（业主）办理工程价清算的经济文件。工程建设周期长，耗用资金数大，为使建筑安装企业在施工中耗用的资金及时得到补偿，需要对工程价款进行中间结算（进度款结算）、年终结算，全部工程竣工验收后应进行竣工结算。
2、工程竣工决算是指在工程竣工验收交付使用阶段，由建设单位编制的建设项目从筹建到竣工验收、交付使用全过程中实际支付的全部建设费用。
二、编制依据不同
1、工程结算编制依据
（1）国家有关法律、法规、规章制度和相关的司法解释；
（2）国务院建设行政主管部门以及各省、自治区、直辖市和有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法、有关规定及相关解释；
（3）施工方承包合同、专业分包合同及补充合同，有关材料、设备采购合同；
（4）招投标文件，包括招标答疑文件、投标承诺、中标报价书及其组成内容；
（5）工程竣工图或施工图、施工图会审记录，经批准的施工组织设计，以及设计变更、工程洽商和相关会议纪要；
（6）经批准的开、竣工报告或停、复工报告；
（7）建设工程工程量清单计价规范或工程预算定额、费用定额及价格信息、调价规定等；
（8）工程预算书；
（9）影响工程造价的相关资料；
（10）安装工程定额基价；
（11）结算编制委托合同。
2、竣工决算的编制依据主要有：
（1）经批准的可行性研究报告及其投资估算书；
（2）经批准的初步设计或扩大初步设计及其概算书或修正概算书；
（3）经批准的施工图设计及其施工图预算书；
（4）设计交底或图纸会审会议纪要；
（5）招投标的标底、承包合同、工程结算资料；
（6）施工记录或施工签证单及其他施工发生的费用记录；
（7）竣工图及各种竣工验收资料；
（8）历年基建资料、财务决算及批复文件；
（9）设备、材料等调价文件和调价记录；
（10）有关财务核算制度、办法和其他有关资料、文件等。
三、单位不同
1、工程结算由施工单位编制
2、竣工决算由建设单位编制。
参考资料来源：
参考资料来源：