学院现有渔业综合技术、水产养殖、动物营养与饲料加工、会计、电子商务、计算机信息管理、市场营销、畜牧兽医等七个专业。两校区共有学生2000余人。
1982年，学校开始同农业部及水利部联合办学，学校每年在云南、贵州、陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆、河南、安徽等省（区）招生。由于学校得到农业部及各联办省（区）的支持，学校不断发展壮大。至今，学校培养各类人才2万多名，西南、西北、华北等省（区）水产行业80%以上都是该校毕业生，大多学生都走上了领导岗位或成为水产业务骨干。
2000年12月，学校被教育部确定为国家级重点中等职业学校（中专）。2001年12月，经四川省水利厅、教育厅和省机构编制委员会办公室批准，学校增挂“四川省生物科学技术学校”校牌。2000年经四川省教育厅批准和重庆市教委同意，四川省水利厅与四川农业大学联合，在郫县校区成立四川农业大学水产学院，四川省水利厅与西南农业大学联合，在合川校区成立西南农业大学三江职业技术学院。学校是省政府命名的劳务开发培训基地，是省人事厅确定的继续教育单位，是农业部授牌的对台渔工培训基地。学校的主要任务是培养水产及相关专业中、高级人才，同时也承担了农民工转移培训和对台渔工培训任务。
建校以来，学校紧紧围绕教学开展多项科研活动，以科研促进教师的教学水平和学校教学质量的提高。1978年，该校主持的《四川长江水产资源调查》课题获全国科学大会重大科技成果三等奖。1979年，学校主持的《中华鲟幼鱼培育及人工标志放流》科研项目获四川省科技成果三等奖。1988年，该校主持的《淡水养殖饲料配方微机应用软件研究》课题获农业部科技进步三等奖，主持的《稻田半旱式养鱼高产效益研究》课题，获重庆市科技进步二等奖。学校还先后参加了《渠道金属网围栏流水养鱼及配套技术研究》和《四川省渔业区划资源调查》两课题，分别获农业部科技进步二等奖和四川省科技进步一等奖。近年，学校参加水利部“948”项目----鱼类转基因技术研究。2006年，学校牵头完成由四川省下达的12项水产地方标准的制定工作。完全由学校主持完成的《中华倒刺鲃全人工繁殖与规模化成鱼养殖技术研究》和《华鲮的人工繁育与成鱼养殖技术研究》2006年4月通过四川省科技厅组织的专家鉴定，《华鲮的人工繁育与成鱼养殖技术研究》获省级科技进步二等奖。《白甲的人工繁育与成鱼养殖技术研究》获四川省水利厅李冰奖三等奖《中华倒刺鲃全人工繁殖与规模化成鱼养殖技术研究》获农业部农牧渔业丰收奖二等奖。2006年7月学校完成四川凉山州水产渔政局委托该校的《凉山州水产资源调查》实地调查，目前正在撰写调查报告。现正在凉山州和合川校区主持开展《鲈鲤人工繁育与成鱼养殖技术研究》课题和《大鲵人工繁殖关键技术研究》课题。
学校还重视和开展了国际合作与交流，选派教师到美国、日本和非洲一些国家学习和技术合作，同美国奥本大学签订有互派留学生协议，与美国加州大学、日本九州大学、台北水产专科学校、中国科学院水产研究所等教育科研单位有密切的学术科研交流。
为了适应高等职业教育，学校进行内部机构改革，引进高素质人才（主要是教师），做好内部管理，提高教育质量，搞好毕业生就业安置工作，以“出口”促“进口”，使学校招生和毕业生就业达到“进出口”两旺。每年报考水产学院考生的志愿数都在招生计划的3倍以上。在就业方面，水产、饲料类专业的毕业生供不应求，就业范围遍及全国各地，还有阿联酋、东南亚一些国家到学校选用毕业生。国内知名企业，像希望集团、通威集团、隆生集团、广东恒星集团、湛江国联水产品开发有限公司、正大集团、统一集团每年都录用该校毕业生，为该校毕业生就业及发展提供了良好的就业机会和广阔的前景。
