徐建国及其团队长期在第一线，从事新发、突发、不明原因性传染病疫情的病原学研究，主持完成9起在我国有较大影响的传染病疫情或事件的病原学调查，所取得的科研成果，提高了传染病疫情应急处置的科技水平和控制效果。
一、成果概述
徐建国及其团队的科研成果可分为三类:
（1）在我国发现两种新发传染病——大肠杆菌O157:H7感染和人粒细胞无形体病（Human granulocytic anaplasmosis）。该成果在2008的《JAMA》上发表，获国家科技进步二等奖一项，中华医学科技奖二等奖一项。
（2）发现并命名两种发生变异的病原菌——脑膜炎萘瑟菌4821序列群和福氏志贺菌Xv血清型。该成果在2006年《Lancet》上和2010年《Journal of Clinical Microbiology》上发表。
（3）在病原体的传播和致病机制方面有三点突破——在世界上第一次发现吞噬细胞无形体的人-人传播方式、提出了猪链球菌二阶段致病理论、证实了大肠杆菌O157:H7的一种新的流行模式。该成果在2008的《JAMA》和2009年的《Journal of Infectious Diseases》上发表。
徐建国院士及其团队所取得的科研成果，提高了传染病疫情应急处置的科技水平和控制效果，为控制疫情的流行做出贡献。此外，以责任作者在 JAMA（2008，IF=31.5）、Lancet （2006，IF=24.8）、以合作作者在Nature （2003）等杂志发表了多篇有影响力的论文。共发表论文281篇，影响因子合计606.8，被引用2943次。包括：SCI论文76篇, 影响因子合计432.9, 被引用1537次；中国引文数据库论文205篇,影响因子合计174，被引用1406次。1996年徐建国院士及其团队获国家自然科学基金杰出青年基金资助，1997年获国家科技进步二等奖，2001年获何梁何利科学与进步奖医学药学奖。
二、成果简述
（一）在我国发现携带新德里金属-β-内酰胺酶耐药基因（NDM-1）的细菌
2010年8月，柳叶刀-传染病杂志报道，在印度发现的携带NDM－1耐药基因的细菌，对多种抗生素耐药，已经传到欧美日等许多国家。引起广泛关注。徐建国团队和相关实验室合作，在我国发现带有NDM－1耐药基因的细菌（2010年中国卫生十大新闻之一），为国家制定合理使用抗生素的策略，提供了有说服力的证据。
（二）在我国发现人粒细胞无形体病，发现吞噬细胞无形体可人传人
2006年11月，安徽一临床误诊为流行性出血热的患者死亡5-13天后，5名陪护亲属和4名医护人员被传染。徐建国团队和安徽省CDC合作，在患者血液标本检测到嗜吞噬细胞无形体的特异性基因，发现患者急性期和恢复期血清的特异性抗体呈4倍升高，提人粒细胞无形体病的诊断意见。
人粒细胞无形体病是一种新发传染病，病原体是嗜吞噬细胞无形体，通过蜱叮咬传播，之前没有人传人的报道。本次研究通过对所有63名陪护亲属、医护人员和首例病例的接触地点、接触时间、接触方式等的深入调查，发现是在患者病危阶段、实施气管切开等抢救措施的过程中，通过血液、呼吸道分泌物等，把病原体传染给和她近距离（≤0.5米）、长时间（≧2小时）接触的医护人员和亲属。
嗜吞噬细胞无形体可人-人传播的发现，得到了国际学术界的高度重视。JAMA以重点论文发表了该研究成果。耶鲁大学Krause教授撰写的编者按指出，这是“在世界上第一次发现嗜吞噬细胞无形体可以人传人，在中国第一次发现人粒细胞无形体病”。 Nature Review Microbiology（2009) , Nature China （2008）, Science Daily （2008），Science News （2008）等杂志做了专题报道。ProMED-Mail（2008）等十余个英文专业网站发表了评论文章。
由于这个发现，卫生部2008年颁布了《人粒细胞无形体病预防控制技术指南》，在全国部署预防控制工作。
（三）发现和命名了脑膜炎奈瑟菌ST-4821 complex（序列群）
2003—2005年我国突发C群流行性脑脊髓膜炎（流脑）爆发，迅速从安徽传到其他省市，病死率增高，社会广泛关注。在国家CDC已经没有专门从事流脑研究队伍的情况下，迅速组织起一支以研究生为主体的力量，紧急攻关。
研究发现，我国新出现的C群流脑菌株，是发生了变异的ST-4821序列群（Lancet，2006），是一个新的具有世界流行潜力的亚群，对预防用抗生素之一磺胺耐药。因此，卫生部在2006年修订颁发了《全国流行性脑脊髓膜炎防控工作方案》，调整预防用抗生素的种类。
（四）提出猪链球菌的二阶段致病机理假说
2005年在四川发生了世界上最大的人感染猪链球菌疫情。215人感染，61人表现出以前未见报道的链球菌中毒性休克样症状，38人死亡。
徐建国团队发现，病原体是序列7型猪链球菌，发生了变异，毒力增强，致病机理发生了改变，提出猪链球菌“两阶段致病机理”，指导防治和研究工作（JID 2009）。这个假说把猪链球菌的致病过程分为2个阶段，第一阶段从病原菌进入血液到出现症状后2天左右，是链球菌中毒性休克样症状的发生期；第二阶段从发病后2天至2周左右，是脑膜炎发生期。序列7型猪链球菌进入血液后4小时左右，就可刺激机体产生细胞因子风暴，在发病后9至48 小时左右引发休克和死亡。因此，早期治疗的重点是预防和控制休克。研究论文2009年在JID发表。世界著名的猪链球菌专家加拿大Segura教授在编者按中指出，这为猪链球菌研究开拓了新的视野（JID 2009）。
（五）发现和命名了福氏志贺菌Xv血清型
我国细菌性痢疾主要是福氏志贺菌引起的。福氏志贺菌有15个血清型，其中福氏2a的分离率多年来一直最高。 2001年河南省出现一种新的血清型，分离率连续5年跃居第一，并传到其他省市。我们把它命名为Xv（JCM 2010）。这也是第一个由我国科学家发现和命名的志贺菌血清型。
（六）证实大肠杆菌O157:H7的一种新的流行模式
1999年4-8月，苏皖交界地区发生了严重不明原因疫情。194人以有腹泻病先驱症状、少尿、无尿入院，174人突发肾衰和其它脏器衰竭死亡；估计2万余人感染。徐建国团队和苏皖CDC一起，从患者、鸡、牛、猪、羊、苍蝇、蜣螂等分离到病原体，在患者血清中检测到特异性抗体，率先提出大肠杆菌O157:H7感染的诊断意见，并证实了一种新的流行模式：和常见的通过食品、蔬菜、饮料等传播的方式不同，苏皖大肠杆菌O157:H7疫情，是因为当地农村家庭饲养的鸡牛猪羊等携带病原菌，通过粪便排泄，污染了环境，造成大面积流行（2003年中华医学科技二等奖）。依据这些发现，卫生部迅速采取措施，有效地控制了迄今为止世界范围内流行规模最大、死亡人数最多、持续时间最长、发病情况最复杂的一起大肠杆菌O157:H7感染爆发。卫生部 2000年颁发了《全国肠出血性大肠杆菌O157:H7感染性腹泻监测方案》，在全国部署预防控制工作。
徐建国及其团队主持完成的有较大影响的传染病疫情或事件的病原学调查还有，1995年山东某儿童的多细菌协同性坏疽（1995年全国十大卫生新闻之一），1997年四川星状奴卡菌群体注射感染事件，2008年北京奥运期间一输入性类鼻疽的细菌学诊断，2004年人工饲养果子狸携带SARS病毒调查。
