明廷因为刘泽清是一个将才，朝廷任用他为辽东的宁远、前卫防备，又升为山东都司佥书，然后加官为参将。
崇祯三年（1630年），后金军攻打铁厂，想占据这里来切断丰润城的粮道。援守三屯的总兵杨肇基派刘泽清前来援助，在离铁厂还有十五里的地方遇上后金军，展开一场激战，从清早打到中午，不分胜负。后来得到增援，一起转战到遵化，然后夹击后金军，就进入了城中。后来评定战功，被提升两级当了副总兵。
崇祯五年（1632年），刘泽清因为克扣军粮被人弹劾，朝廷诏令他到战略要地上立功补过。
崇祯六年（1633年），被提拔为总兵。这年冬天试任左都督，在恢复登州的战役中他立了战功。
崇祯八年（1635年），朝廷命令他统率山东的部队保护漕运。
崇祯九年（1636年），京师戒严，他统兵前往保卫京师，朱由检让他驻兵新城作为南北的交通枢纽，后来又命令他留守通州，加封他为左都督、太子太师。 崇祯十三年（1640年）五月，山东发生严重的饥荒，各地灾民相聚起义，曹州、濮州尤其如此。朱由检命令刘泽清联合总兵杨御藩的部队前往剿捕他们。八月，刘泽清被降职为右都督，镇守山东的海防。他用自己在山东长大，长久在这里镇守不合适为理由，请求辞退这个任命。朱由检命令他立即整顿兵力渡过黄河，联合各路军队星夜奔赴山东援剿。
崇祯十四年（1641年）二月，周延儒入阁，刘泽清深知周延儒乃是贪鄙的小人，因此乘机钻营以图东山再起。他计算周延儒从家乡宜兴北上的行程，就从临清赶到扬州，并且日具塘报呈相君的幕府，而且准备楼船，邀请周延儒由水路北上，周延儒一时感到为难。他说：“有我在，那些盗贼又怎么胆敢靠近相爷，妄想危害您呢？
因此周延儒决定从水路入京，此时刘泽清全身戎服，拜见周延儒。说：“山东的这些股盗贼，您不用担忧。如果朝廷用我去招抚他们，不日就会太平。”而且送二万两黄金作为路费，周延儒异常高兴。八月周延儒进京后，刘泽清果然被重新起用为山东总兵。
崇祯十六年（1643年）二月，农民军把开封围困很久了，刘泽清奉命赴援。因为朱家寨离开封城只有八里，他便领兵五千渡过黄河，沿河边在那里扎下营寨，又开挖沟渠引黄河水环绕在军营四周，想依次扎下八个兵营直抵大堤，然后修建一条两侧垒砌墙壁的通道，向城里运送粮食。墙壁尚未砌好，农民军过来争夺，双方相持了三天，各有伤亡。刘泽清就命令自己的队伍拔营离开，一时间明军仓皇奔逃，士兵们为了争船，很多人掉在水里淹死了。 崇祯十七年（1644年），黄闯王李自成攻破北京，朱由检上吊自尽，山海关总兵吴三桂引清兵入关。刘泽清等拥立福王朱由菘登基，被封为东平伯。
朱由菘开设四藩：兴平伯高杰镇守徐州、泗州，东平伯刘泽清防守淮安、扬州，广昌伯刘良佐镇守凤阳、寿州，而黄得功晋为侯爵，镇守滁州、和州。他们的家属都在内地安置。 当时四镇各自占据着自己的防区，财政收入不上交，自己肆意挥霍，把领土、军事等事放在脑后一概不关心。他们和朝廷中间的大臣相互拉帮结派，干预朝政，排斥异己，他们不断地递上各种各样的奏章，把朝廷中的纪纲破坏完了，其中泽刘清所提出的主张最为狂妄、谬误。
朱由菘刚刚登基时，他请求就在今年五月改元，又请求赦免、放还原任辅臣周延儒被抄作军饷的赃款。都御史刘宗周弹劾了武将们骄横不法的罪状，刘泽清便两次上书弹劾刘宗周，并且：说：“陛下只要肯杀掉刘宗周，我就卸职。”朝廷不得已，只好用语气温和的诏书对他加以劝慰。他又请求禁止巡按官员调查、捉拿犯人和对犯人进行追赃，请求法司严厉地通缉原任总督侯恂和他的儿子侯方域，朝廷都委曲变通地听从了他。
刘泽清开府淮安，磊治藩府，府第的规格类似王府。甲第宽敞，门馆壮观，金碧辉煌，富丽堂皇，花园曲渠，高屋深墙，剑卫林立。不仅如此，他还一贯嗜好声伎，曾经蓄养美妓宠侍四十余人。在淮安他醉生梦死，花天酒地。“日拥四方抢夺的良家妇女，无节制地喧乐。有人问他：“守御之策。”他说：“我为拥护福王而来，他应该让我享受，万一有事，吾选择江南一郡，占山为王罢了。” 顺治二年（1645年）四月，清军南下，扬州告急，南明朝廷命令泽清等人前往增援，可是他已经暗中策划向清朝投降了。
刘泽清投清后，被解除兵柄，恩养在京，从而结束了他的戎马生涯。多尔衮赐他侍女二人。
顺治五年（1648年）八月，清廷授以三等子爵。
顺治六年（1649年）五月，刘泽清见时局混乱，断定“清国不会用人，国运不久了”，秘密派遣侄儿刘之榦与麾下副将郑隆芳、姚文昌潜往南方同南明联络，带回口信说“君王甚喜”（按当时形势和刘泽清曾掌握部分舟师分析，使者很可能是朝见了鲁监国朱以海，而不是永历帝朱由榔）。
刘泽清认为这是反清复明的大好时机，召集亲信李化鲸，到北京密商，约定八月十五日刘泽清“从京中起手，尔等亦于是日举事”。李化鲸返回曹州招兵买马，暗中进行反清的准备工作。清河道总督杨方兴得知消息后，采取调虎离山计题授李化鲸为衮州守备，让他单骑就职。
李化鲸被迫提前在七月间起事。他联络附近榆园等义军拥立一个明朝宗室为王，以天正为年号发布文檄，连续攻克曹州、定陶、城武、东明等府县。山东钜野和同曹州接境的直隶大名府、河南归德府的百姓纷纷响应。清廷惟恐事态扩大，不可收拾，下令调三省官兵会剿。参加围剿的有驻防东昌府梅勒章京赖恼、沂州总兵佟养量、临清总兵宜永贵、保定总兵鲁国男、河南总兵高第、河北总兵（指镇守河南省黄河以北三府地区）孔希贵等部。大批清军蜂拥进至曹州，义军虽然奋勇抵抗，终因众寡不敌被镇压。清军先后夺回东明、定陶、城武等县，八月初一日包围了曹州。李化鲸等见形势不利，出城谈判，交出明朝宗室，希望借此换取清方退兵。清廷不以理睬，继续围攻。九月十五日，李化鲸等又出城谈判，被清军扣留，把他和“伪王”以及刘泽清的三个侄儿押解进京。
李化鲸等人被押解到北京同刘泽清对质。刘泽清知道密谋败坏，私自烧毁密信等证据，拒不承认共谋约反，并说所谓烧贼书，实是烧明朝诰命，又被家中婢女告发。十月二十五日，清廷经过大臣会审后，刘泽清和他的弟弟、侄儿、李化鲸等人以谋反罪被押赴市曹凌迟处死。
