温州市城市管理与行政执法局内部设有多个职能处室，以高效履行职责。以下是主要的处室及其职能：
办公室：负责机关行政事务，包括文秘、宣传、财务、后勤、规章制度起草、会议组织、新闻发布、综合协调、经费编制与监管、执法装备管理、建议提案处理以及统计工作。
组织人事处：负责机构编制、人事管理、精神文明建设、教育培训、领导班子考察考核、执法人员培训以及离退休干部服务。
政策法规处：负责宣传相关法律、法规，进行合法性审查，指导法制工作，开展普法教育和法规宣传，管理执法证件，审核和组织听证，负责行政复议、诉讼和执法责任制。
行政审批处：负责行政许可和非行政许可事项的审批，参与技术审查和协调各县区的行政审批工作。
城管一处：负责市容环卫规范性文件起草和监督实施，参与规划编制，负责生活垃圾处理、建筑垃圾管理、环境卫生设施建设和应急救援工作。
城管二处：负责市政设施和公用事业管理规划，起草技术标准，参与项目审查，监督基础设施维修，负责公共停车场所管理和城市节水工作。
执法监督处：监督执法执行情况，负责考核指导，起草工作计划，部署专项整治任务，协调相关业务工作，并监督城市管理问题的落实。
指挥中心：负责违法行为查处指挥调度，应急指挥调动，信息流转与处置，以及96310投诉处理。
数字城管综合处：负责数字城管的规划、硬件建设和维护，与相关部门的联系协调，承担城市管理委员会办公室的交办工作。