主要区别是，车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：
一、车站地址不同
1、烟台站
山东省烟台市芝罘区北马路135号。
2、烟台南站
山东省烟台市莱山区。
二、车站规模不同
1、烟台站
建筑面积：82544.81平方米（截至2011年1月）。站台规模：5台8线（截至2019年10月）。
2、烟台南站
建筑面积：9993.5平方米（截至2014年12月）。站台规模：2台5线（截至2014年12月）。
三、主要线路不同
1、烟台站
主要线路：蓝烟铁路，青烟直通线，龙烟铁路。
2、烟台南站
主要线路：青荣城际铁路。
以上内容参考 百度百科-烟台站、百度百科-烟台南站