百色市水利局根据其职能配置了四个主要内设部门：
1. 办公室（行政审批办公室）
此部门负责协助局领导协调全局工作，处理日常事务。其职责包括文秘、机要、档案管理、内部规章制度建设等。同时，它还负责信息传播、保密、信访、政务公开、绩效考核、新闻发布、机关后勤服务指导，以及机构编制、人事管理、劳动工资等行政管理工作。此外，该部门负责全局的行政审批事项。
2. 水政水资源科
该科负责水资源管理的核心工作，包括水资源论证、取水许可、有偿使用制度的实施。他们负责水资源调查、评价和监测，制定水量分配方案、水功能区划，并监督其执行。此外，他们指导水源保护、城市供水和非传统水资源开发，管理入河排污口，倡导计划用水和节约用水。他们还负责法律文件的审查、解释和备案，以及水利行政诉讼、行政复议等工作，并执行水政监察和水行政法规。
3. 水土保持科
水土保持科主要负责全市的水土保持工作，包括规划编制、监测与公告。他们审查和监督生产建设项目水土保持方案，组织水土保持设施验收，并管理水土保持生态建设项目。同时，他们监督法律、法规和管理规范的执行情况，处理跨县（区）的水事纠纷。
4. 计划财务科
作为核心财务部门，计划财务科负责全市水利规划，编制长期供求计划和战略规划。他们审查水利建设项目，管理财政资金，提出预算建议，负责水利综合统计和预决算编制。此外，他们还负责资金使用监督、国有资产、政府采购和非税收入管理工作，指导全市水利行业和直属单位的财务管理。