惠山区教育局设有五个关键职能科室，分工明确，确保教育工作的高效运行。
一、秘书科 负责协调机关重要事务，包括年度计划制定、工作报告撰写、文件起草等。它还负责教育法制建设，指导法制宣传和执法检查，协调农村教育改革，以及教育行政复议和诉讼等工作。此外，秘书科还负责文件管理、会议组织及督办、文秘、档案、信息、信访、社团管理和提案办理，以及与兄弟市、县的教育协作。
二、组织人事科（纪检监察室） 主管队伍建设，包括师资补充与培养计划、在职教师培训和师德建设，教师资格认定、专业技术职务评聘及教职工人事管理工作。同时，它负责干部培训、后备干部选拔，以及党的思想、组织和作风建设，以及纪律检查和内部审计工作。
三、计财科（审计室） 执行教育财经政策，编制预算和分配方案，确保教育经费充足。它负责财务监督与审计，校舍建设和校容校貌管理，同时指导各类学校的后勤改革。
四、教育科 负责基础教育、职业教育和社会教育的长远规划，指导学校布局调整，以及九年制义务教育和扫盲工作的提升。它还指导教育改革和管理，学校行政、学籍、德育、体育、卫生健康和艺术教育，以及终身教育、职工教育等社会教育工作。
五、督导科 是教育督导室的日常执行机构，负责区人民政府教育督导室的日常事务，确保教育质量的监督和评估。