复旦大学院系设置如下:
中国语言文学系、外国语言文学学院、历史学系、旅游学系、文物与博物馆学系、哲学学院、法学院、国际关系与公共事务学院、社会发展与公共政策学院、新闻学院、经济学院、泛海国际金融学院、马克思主义学院、国际文化交流学院。
数学科学学院、物理学系、现代物理研究所/核科学与技、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、大气与海洋科学系、信息科学与工程学院、计算机科学技术学院、软件学院、微电子学院、航空航天系、材料科学系、生命科学学院、大数据学院、管理学院、基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、艺术教育中心、体育教学部、继续教育学院。
分析测试中心、实验动物科学部、出土文献与古文字研究中心、高等教育研究所、古籍整理研究所、国际问题研究院、科技考古研究院、六次产业研究院、马克思主义研究院、全球公共政策研究院、社会科学高等研究院、文史研究院、现代语言学研究院、一带一路及全球治理研究院、中国历史地理研究所、中国研究院、大气科学研究院、大数据试验场研究院。
大数据研究院、代谢与整合生物学研究院、复杂体系多尺度研究院、工程与应用技术研究院、类脑芯片与片上智能系统研究、类脑智能科学与技术研究院、人类表型组研究院、上海数学中心、手性分子工程中心、微纳电子器件与量子计算机研。
先进材料实验室、专用材料与装备技术研究院、智能复杂体系基础理论与关键、智能机器人研究院、放射医学研究所、脑科学研究院、生物医学研究院、脑科学转化研究院、芯片与系统前沿技术研究院、光电研究院(等)。