消炎和杀菌作用用于祛痰、解痉挛、治百日咳及支气管炎。其花粉对某些革兰氏阴性杆菌有抗菌作用，可用于治疗皮肤病，例如湿疹、烧伤和牛皮癣。全草制成软膏，可治疗局部溃疡
2.雌激素样作用。红花三叶草作为唯一植物雌激素有其独到之处：它们几乎能分布到人体每个细胞中发挥作用，这是人体自身激素达不到的；它们具有双向调节作用，当人体雌激素水平高时，可抑制激素分泌，反之，当人体雌激素水平低时，它能提供额外的雌激素样作用。临床上既被用来治疗妇女体内雌激水平升高时的经前期综合症，又被用于治疗雌激素降低时的更年期综合症和绝经。另外，也能治疗雌激素病，例如子宫肌瘤、子宫内膜异位及骨质疏松症等。
3.抗癌作用红花三叶草含高浓度异黄酮等黄酮类物质。它被认为是一种潜在抗癌物质。主要预防前列腺癌、胃癌、肠癌和乳腺癌。乳腺癌病人血浆中雌激素偏高，植物雌性激素对其有拮抗作用，从而抑制乳腺癌。经常食用植物雌素物质的妇女患乳腺癌的机率大为减少。红花三叶草对肠癌也有治疗效果。实验表明，黄酮类物质为强抗氧化，是自由基的强清除剂，故具抗癌效用。