两个学校各有特点，要根据自己的志向选择，评价好与不好和每个人的观点和角度不同，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、吉首大学
成立于1958年4月，1978年复升为省属综合性大学，同年中南大学湘雅医学院湘西分院并入吉首大学组建医疗系，湘潭大学湘西分校并入吉首大学组建体育系，2000年，吉首卫生学校并入吉首大学，2001年，湘西民族教育学院与吉首民族师范学校并入吉首大学组建吉首大学师范学院，2002年，武陵高等专科学校（武陵大学）并入吉首大学成为吉首大学张家界校区。
2、湖南理工学院
学院的前身是1910年创办的湖滨大学。1999年3月，经教育部批准，岳阳师范高等专科学校、岳阳大学及岳阳教育学院合并为岳阳师范学院。2003年2月，更名为湖南理工学院。
二、学校规模不同
1、吉首大学
截至2020年，学校总占地面积2900余亩，建筑面积近60万平方米，有在职教职员工近1500人，专任教师1100余人，各类在籍学生3万余人。
2、湖南理工学院
截至2020年，学校有校园面积2300余亩，设有16个教学院，有教职员工1500余人，有全日制本科生、硕士生、留学生23000余人（含独立学院）。
三、院系设置不同
1、吉首大学
商学院、医学院、音乐舞蹈学院、软件服务外包学院、化学化工学院等。
2、湖南理工学院
化学化工学院、信息与通信工程学院、中国语言文学学院、经济与管理学院等。
四、学校特色不同
1、吉首大学
中西部高校基础能力建设工程、省部共建大学、省属重点大学、卓越医生教育培养计划、卓越农林人才教育培养计划。
2、湖南理工学院
“十三五”国家产教融合发展工程应用型本科规划高校（2016）。
五、学校类别不同
1、吉首大学
学校类别：综合类大学。
2、湖南理工学院
学校类别：理工。
参考资料来源：百度百科-吉首大学
参考资料来源：百度百科-湖南理工学院