玛雅人既然在许久以前就创造了灿烂的人类文明，那么现代的人类文明为何又失去了玛雅人的行踪呢？玛雅人这种“从天而降”的文明现象，为何像一场刚刚拉开序幕就已结束的历史剧呢？玛雅人为何突然背弃文明，又回归原始呢？这确实是个谜。
公元830年后，科班城浩大的工程突然宣告停工。公元835年，帕伦克的金字塔神庙也停止了施工。公元889年，提卡尔正在建设的寺庙群工程中断了。公元909年，玛雅人最后一个城堡，也停下了已修建过半的石柱。这情形令我们联系到复活节岛采石场上突然停工的情景。
突然停工的帕伦克的金字塔神庙这时候，散居在四面八方的玛雅人，好像不约而同地接到某种指令，他们抛弃了世代为之奋斗追求、辛勤建筑起来的营垒和神庙，离开了肥沃的耕地，向荒芜的深山迁移。
现在我们所能看到的玛雅人的那些具有高度文明的历史文化遗址，就是在公元8—9世纪间玛雅人自己抛弃的故居。如今的游客徜徉在这精美的石雕和雄伟的构架面前，无不赞叹、惋惜，而专家学者们却陷入深深的困惑之中。玛雅人抛弃自己用双手建造起来的繁荣城市，却要转向荒凉的深山老林。这种背弃文明，回归蒙昧的做法，是出于自愿，还是另有其他原因？
史学界对此有着各种解释与猜测。譬如说，外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移。然而，这些假设和猜测都是不具备说服力的。首先，在当时的情况下，南美大陆还不存在一个可以与玛雅人对抗的强大民族，因此，外族侵犯之说就站不住脚。气象专家几经努力，仍然拿不出公元8—9世纪间南美大陆有过灾难性气候骤变的证据。同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨依然保存完整，因此地震灾难之说可以排除。至于瘟疫流行问题，看来很有可能。然而，在玛雅人盘踞的上万平方千米的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的。再说玛雅人的整个迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无耗时如此长久的可能性。
有的人根据祭祀雕像被击毁，统治者宝座被推倒的现象，做出阶级斗争的推测。阶级斗争的确在玛雅社会中存在并出现过，但这种情况是局部的，只在个别地方和城市发生过，而玛雅人的集体北迁却是全局性的。
有人试图从生态角度解开玛雅人大迁移之谜。譬如认为玛雅人采取了某种不恰当的耕种办法，破坏了森林，土地丧失了地力等等，造成生存的困境被迫再迁移。可是不少学者在考察中发现，玛雅人在农业生产上却表现出颇为先进的迹象。他们很早就采取轮耕制，出现了早期的集约化生产，这样既保证了土地肥力不致丧失，又提高了生产效率。
学者们认为玛雅人的农业在当时已相当发达。美国研究美洲大陆的权威麦克尼什认为，公元前2500年左右，内地人口大量增加，并从事着谷物、豆类、瓜类的种植。由于大型哺乳动物的灭迹，人们更多地转为以种植庄稼为生。美国国家航空和航天局的一个原定于用作探测金星的雷达系统，发现了玛雅人一千多年前修建的沟渠网，这些古代沟渠是藏在危地马拉和贝利兹热带雨林底下的。它们是用来排水、灌溉开垦出的适于耕作的土地。这项发现足以解释玛雅人在公元前250年—公元900年之间是怎样在密林深处开垦土地以养活大约20万~30万人的。可见，玛雅文化的泯灭并非食物来源的困乏所造成。因而，试图从这个角度解开谜题的尝试也是行不通的。
还有一些专家的思路更新奇，他们认为要寻找玛雅人搬向深山的原因，可以先反过来看看他们怎样选择自己定居的故土。我们已知的这些玛雅人最古老的城市，都不是建设在河流旁。
埃及和印度的古代文明，首先发祥于尼罗河与恒河流域，中国古代文明的摇篮则在黄河和长江流域。河流不仅给这些早期的都市带来灌溉和饮水方面的便利，同时又是人员与商品交往最初的通道。从各民族的早期历史来看，他们的文明都离不开河流。
玛雅人却偏偏把他们那些异常繁荣的城市、建筑丢弃于热带丛林之中，这是颇有意味的。
提扎尔遗址以提扎尔为例子。从这个玛雅人的城市到洪都拉斯海湾的直线距离为175千米，距坎佩坎海湾仅259千米，到太平洋的直线距离也才380千米。玛雅人对海洋是十分了解的，在他们的城堡废墟和文化遗址上，大量的珊瑚、贻贝和贝类动物制品都可以证明这一点。那么，他们最初的城市为什么不修建在河流边，或者海滩旁，而要选择与世隔绝的丛林莽障之中？他们的大迁移，为何不向河流沿岸和海边转移，偏偏要移至更为荒凉的深山之中？这的确令人费解。
提扎尔就是一个位于深山中的城市。为解决这个人口众多的城市饮水与灌溉农作物的需要，他们被迫在城周修建了13个水库。这些水库的总容量达214500立方米，在古代修建这样的工程，其艰难是可以想象的。但让人难以想象的是，这些聪明绝顶的玛雅人为何必须在这种条件艰苦的地方安邦筑城，而不去寻找一处较为方便且更符合生活逻辑的地方？
有的学者认为玛雅人定居在贫瘠的不毛之地，既得不到食物，也捕获不到野兽；而且大多住在城市里，再加上玛雅人有吸毒的习惯，因而灾荒、瘟疫、战争等便很快地导致了玛雅文化的衰亡。
还有的学者认为，由于印第安人造船业的发展，船舶代替了小舟，经由海路的贸易取代了河上的交易。在森林深处依赖着小舟贸易的玛雅城市，这时失去了它原有的作用，迫使玛雅人离开了森林，另谋出路，导致了玛雅社会的没落，使玛雅文化走上了绝路。
以上诸说，各有其道理。但玛雅文化究竟是怎样泯灭的，至今仍需探讨。
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