管理机构
2002年8月，县政府报请北京市人民政府批建了保护区管理机构－北京延庆县野鸭湖保护区管理处。管理处为县直属事业单位，机构级别为相当县属局级，管理处下设办公室、管理科、开发科、巡逻队、宣教中心，编制45人。.
植物修复
1997年成立保护区时，在资金和专业技术人员不足的情况下，管理处实施了一系列基本的保护措施，包括修建围栏、界碑、宣传牌，迁出打鱼棚户、禁牧禁渔、停止游艇等机动船舶、禁止挖沙等，截止到2000年修建围栏13000余米、挖防护沟3000多米、迁出牛羊等牲畜10000余头，收回在缓冲区的海后农场占地，保护工作初见成效，湿地植被得到有效保护、湿地鸟类数量也逐渐增多。
2005年，野鸭湖湿地自然保护区实施了北京市发改委批复建设的湿地保护和恢复工程，建成了华北地区首座湿地博物馆，恢复湿地植被300余公顷。2006年，实施国家林业局批复建设野鸭湖湿地保护工程，完成保护区北部区域（康张桥—河北省交界处）14000余米保护围栏和8.7公里巡护道路建设，恢复湿地植被面积1400余公顷。通过实施和建设以上湿地保护工程，累计恢复湿地面积达1700余公顷。
2008年，完成20000余米保护围栏建设，使2万余亩湿地生境在没有人为干扰和破坏的情况得到了效果明显的自然修复。2009年，根据植被恢复需要，修建了引水工程，通过补水和人工补植，恢复了湖区北侧千亩苇荡的自然湿地景观，并在湖区和岸边种植了荷花、香蒲等水生植物，营造出了“接天莲叶无穷碧”、“苇荡深处闻雀鸣”的诗情意境。
疫病防控
野鸭湖湿地是北京地区鸟类的重要栖息地和华北地区迁徙鸟类重要的中转站。多年来，野鸭湖不断加强栖息地恢复、禽流感监控、日常巡护和鸟类救护工作力度。2009年，野鸭湖建立了远程无线高清监控系统，实现对主要鸟类栖息地的全方位监控，进一步提升了鸟类监测保护工作的整体能力和水平。
