作为一名资深生物狗，游荡于生物领域多年，我觉得我可以回答一下这个问题。
首先，生物工程是一个广阔的概念，它包括很多很多分支，比如发酵工程，结构生物学，合成生物学，生物信息学等等，所谓的生物工程强的学校不一定在生物的每一个领域都强，下面我来举下例子吧。
若非要看985/211以及学校排名的话，当然清北上交浙大的生物最好了，这个毋庸置疑，毕竟平台好，有钱，牛人就多了。下面我们说一些并不是那么有名但是生物方向还不错的几个学校吧。如果单方面看的话比如发酵工程上，最好的应该是江南大学，不知道大家有没有听说过。
这个位于太湖旁的无锡市的学校是一所实力挺强的211，学校景色也很美。它的发酵工程与食品科学专业全国排名第一，茅台集团董事长、青岛啤酒集团董事长等酿酒企业的董事长或总经理以及高层的总工程师们大都是这所大学毕业的，怎么样，如果你想在发酵方面有所成就，可以考虑这个学校哟！并且学校景色真的很好！
此外，天津大学的合成生物学也是相当的牛的。大家都知道天大的化学很好，所以生物制药方面就很牛了。所以如果有想从事生物制药方向的同学，可以考虑一下天津大学的生物学！
再有就是像山东大学的微生物技术，也是比较牛的，尤其是在纤维素降解方面一直是国内领先的。中国农业大学，南京农业大学，中国海洋大学的生物工程也都很不错，只不过偏农学海洋生物学方面。如果有兴趣的话可以留言一起探讨呀！
希望我的回答可以帮助到你。
生物工程是一门综合性应用学科，需要掌握生物科学基本知识和系统的生物工程原理及其产业化工程技术的基本理论及基本技能，本专业学生主要学习微生物学、生物化学、化学工程、发酵工程等方面的基本理论和基本知识。想要知道生物工程专业的优劣，需要参考该学校生物工程的研究方向和相近专业。
1.侧重生物学的生物工程专业
主要是一些985/211/双一流高校生物专业比较好的学校，生物工程专业主要开设在生命科学学院，侧重于分子生物学、微生物等基础生物学。如上海交通大学，2016年第四轮全国一级学科评估中生物学跻身第一方阵，2017年生物学被列入“双一流”建设学科名单，生物工程一级学科博士点新获批建设。
2.侧重食品发酵的生物工程专业
如江南大学生物工程学院的生物工程专业，该专业是国家特色专业、教育部首批“卓越工程师教育培养计划”专业，国家专业综合改革试点专业、江苏省品牌专业。南京农业大学食品科技学院的生物工程专业（江苏省特色专业）。这些学校的食品专业或者发酵专业较好，生物工程专业和食品紧密联系，甚至开设在同一学院。
3.侧重化学的生物工程专业
浙江大学化学工程与生物工程学院的生物工程专业，主要研究方向有生物催化与生物转化工程、生物过程工程、生物资源工程、生物制药工程、纳米生物技术、合成生物技术、仿生功能膜与膜技术等。
总的来说，生物工程基础课程大同小异，但是研究领域各有不同，考虑学校的时候需要结合自己的兴趣和该校的研究方向。
这个问题，额~ 与其说生物工程专业最厉害，不如说生物学领域哪个最强，首先，生物专业是一个各学科能多相似就多相似，能有多不同，就有多不同，总之万变不离其宗。生物工程这个方向一般是属于工科领域（划重点），而生物技术等则属于理学。
在当初保研选学校的时候，把国内的生物学一流学科查了个遍，现在给大家简单科普一下我认为在生物学上比较强的学校。说实话，比较强的学校几乎都是985，因为之前想去山东大学，所以了解的比较详细。它在微生物领域是特别厉害的，有国家的重点实验室，最早建立的时间在80年代，成果惊人，可以说是中国微生物学领域的鼻祖了。
有这么好的学科当然离不开优秀的师资队伍了，现在的实验室主任是张友明教授，千人技术的获得者啊啊啊，他的团队在基因克隆技术上有很大的研究进展，在nature上有文章啊（nature在我们生物学领域简直是最高荣誉了），山大的小伙伴有这么好的机会一定要去听大牛的课啊。
好了，小脑袋瓜子就暂时想起这么多，可能普及的不全，生物领域厉害的学校太多了，每个学校又都有自己的招牌专业，如果大家想考这个专业，或者对这个专业感兴趣，一定一定要具具体体、仔仔细细的查看每一个学校的官网，找好专业，摸清楚各方面的情况，总有一个学校是属于你的！
这个问题可以从两个方面来回答，学校排名以及专业排名。
给学校排名已经不是什么新鲜事了，所以也不需要避而不谈。全球/世界高校排名、全国高校排名等都很容易查找。如果你是面临志愿填报的问题，可以根据学校排名，再结合你的分数进行组合，选出最适合你的高校。
为什么说可以这样进行选择呢，首先一所排名靠前的高校综合实力一定不弱，但是各个学科之间肯定会有差别，也许这所高校排名靠前但是你想要就读的学科不是该校强项，那么相应地，你可以以不是那么高的分数进入这所大学，但同时这个学科不会很差，还能享受它给你带来的各种资源。举个例子，如果你面临的选择是按照这个分数可能会去生物专业差一些的985或生物专业学科很有优势的211，那我觉得根据你的需求可以比较容易抉择。
如果说上一种方式不满足你的需求，那么就可以按照专业排名来谈谈。现在国内没有什么权威的学科排名机构，不能按照这种方式来查找。但是你可以到网上搜索学科评估，现在最新一轮的学科评估结果应该是2017年的，这是第四轮。第一轮没记错的话是在2012年开始的，这个学科评估结果还是挺有参考意义的，但是有一个问题就是这个是自愿参评的，也就是说有些学校是不参加的，有可能会漏掉一些吧。现在A+类院校包括北大、清华、上海交大，A类院校包括中农、南京大学、中国科技大学，感兴趣你可以搜一下。
因为题主没有说明你的需求，不知道是要选学校还是仅仅了解一下，所以我就按照自己的理解说了一些，如果上边有你感兴趣的观点可以再沟通哦。