南宁市司法局内设多个职能科室，各司其职，保障司法行政工作的高效运行。首先，办公室负责规划与监督实施司法行政工作，协调各部门关系，起草综合性文件，处理内外事交流和文电管理工作，同时指导司法行政通讯网络建设。
其次，法制宣传科负责全市法制宣传和法律普及，指导对外法制宣传，参与社会治安管理，负责依法治市领导小组的日常事务。
律师管理科则负责律师工作的法规执行，监督法律顾问和社会法律服务机构，审核律师事务所和律师执业资格，开展律师业务培训。
公证管理科主要职责是实施公证工作法规，监督公证业务，办理公证员资格事宜，负责公证员年审注册，并协调各公证机构。
基层工作科指导人民调解、司法所等基层工作，管理基层法律服务，安置帮教刑满释放和解除劳动教养人员。
法制科负责法制建设指导，起草和审核地方性法规，参与政策研讨，处理司法行政复议和行政应诉事务，以及法学社团和司法鉴定指导工作。
计划财务装备处负责司法行政系统的经费计划和装备管理，监督基建和维修项目，管理国有资产和财务管理，包括物资装备的购置和管理。
政治处负责全局的党建工作、队伍建设、人事管理，协助县区司法局领导班子管理，以及涉及劳动工资、福利、警务、表彰奖励等多方面的行政管理工作，同时承担干部职工的政治理论和法制教育任务。