泉州市儿童医院以其强大的专科实力，为儿童提供全方位的医疗服务。小儿内科作为医院的支柱，拥有一批技术精湛的医护团队，其中包括两位享受国务院特殊津贴的专家，处于全省领先地位。科室设有NICU、PICU等多个专业病区，擅长处理重症监护、早产儿抢救、儿童癫痫、哮喘等疾病，并多次荣获科技进步奖，尤其在儿童保健领域表现出色。
小儿外科作为重点专科，装备先进，由著名的小儿外科专家王祖耀教授领军，涵盖了小儿普外、骨科等多个亚专业，成功实施多项高难度手术，如联体婴儿分离术等，技术在国内处于前沿。心血管中心通过与上海儿童医学中心合作，配备了国际先进的设备，能够处理复杂型先心病手术。
神经康复科在治疗小儿癫痫和罕见病方面经验丰富，尤其在脑瘫康复领域填补了空白。哮喘防治中心由哮喘防治专家陈育智教授指导，采用先进疗法，是全省最大的哮喘防治中心，致力于个体化治疗方案的制定和遵循国际最新水平。
儿童保健科提供全面的儿童保健服务，包括生长发育、心理行为保健和疾病防治等，同时指导基层医疗机构的工作。妇科以微创手术和辅助生殖技术见长，产科则以“无病分娩”理念和高质量服务脱颖而出。眼科医院技术强大，开展多种眼科手术和诊疗项目，且设有斜弱视训练室和全国知名专家会诊服务。
医院的新生儿疾病筛查中心是福建省的重要组成部分，保障了新生儿的健康。麻醉科和手术室则是医院的特色，与国际标准接轨。此外，医院的口腔科、外科等科室也提供成人医疗服务，近年来业务发展迅速，科研成果丰硕。
泉州市妇幼保健院·儿童医院·眼科医院创建于1990年元月，位于海峡西岸经济最发达的历史文化名城、著名侨乡泉州市区，是旅菲爱国侨胞林志中先生独资捐建的福建省省规模最大全民所有制儿童综合性医院。1996年10月，市政府根据区域卫生规划组建加挂“泉州市妇幼保健院”，2011年加挂“泉州市眼科医院”的牌子，目前实行“一套班子，三块牌子、医疗保健两者合一”的管理模式。现已成为本地区妇幼保健、妇儿医疗的技术指导中心。