泉州历史悠久。早在新石器时代，就有人类在这里劳动生息。
泉州夏禹时属扬州城，周时为七闽地，春秋战国时为越地。
从秦朝到隋朝的八百余年间，先后属闽中郡、闽越郡、闽越国、建安郡、闽州（驻所今福州）等所辖。泉州是从晋朝开始有中原洛阳人士因战乱搬迁至此，怀念晋朝故土，因此将居住地的河流命名为晋江。公元四世纪初，中原战乱频繁，有晋人南迁，他们带来了中原先进的生产工具、技术和文化，使泉州得到进一步的开发。
但南朝、隋朝和唐朝前期由于今泉州一带人口稀少，今泉州一带的行政建制多次被裁撤。武荣州建立不久复废入泉州（今福州）。
唐朝中期开始有较多的中原人迁入晋江一带 ，而居住地则因该江得名——晋江。
唐久视元年（西元700年）第三次置武荣州，泉州一带的建制才稳定下来，州治设今市区。唐朝初年，归武荣州所辖，唐景云二年（公元711年），武荣州始改名为泉州。安溪、惠安、永春、德化一带直到五代时才设县，泉州沿海一带在唐朝中期后才形成陆地。
开元六年（718），泉州刺史冯仁智以州治无县，请析南安县东南地置晋江县（治所位于今泉州市鲤城区）。
唐代泉州设置初期，辖晋江、南安、龙溪、莆田、仙游五县，开元二十九年（公元741年）与漳州分治，龙溪归其所辖。唐中叶的安史之乱给中原造成严重的灾难，中原人民进一步避乱南迁，经济文化中心转移，促进泉州进一步繁荣。史载唐大历年间，泉州文风大盛、书院林立，一些著名的寺院如明心寺、法云寺、普照寺等，均建于此时。经济上，泉州已逐渐成为南方重要的大港口，天佑午间，已是一个车旅辐辏、商贾云集，云山百越路、市井十州人的国际港城，与交州（今越南河内）、广州、明州（今浙江宁波）并称为全国四大港口。五代后汉乾祐二年（公元949年），泉州称清源郡。后周显德二年（公元955年），辖晋江、南安、莆田、仙游、同安、德化、永春、清溪（后称安溪）、长泰九县。
宋太平兴国六年（公元981年），莆田、仙游两县为兴化军，长泰归漳州，泉州辖晋江、南安、同安、德化、永春、安溪、惠安七县。北宋时在泉州设市舶司，专管海外贸易。南宋朝廷偏都临安（杭州），当时泉州成为与广州并驾齐驱的全国两大商港。
宋景炎三年（公元1278年）至元大德二年（公元1298年）二十年间，先后四次在泉州置福建中书省衙，泉州改为泉州路。大德二年改为泉中府，延祐元年（公元1314年）复立泉州分省，元代泉州成为涨海声中万国商的东方第一大港，与埃及的亚历山大港并称为世界最大的贸易港，同世界上100多个国家和地区有贸易往来。
明代全国分为十三个布政司，统领各地府、县。明洪武元年（公元1368年）改称泉州府，属福建布政使司，辖晋江、南安、惠安、安溪、永春、德化、同安七县。
清承明制，全国分为十五省，实行省、府（州、厅）、县三级制。泉州府为闽八府之一。雍正十二年（公元1734年），永春升为直隶州，德化归其所辖。泉州府辖晋江、惠安、南安、安溪、同安五县。清设兴泉永道，辖泉州府、兴化府、永春直隶州和厦门市
民国元年（公元1912年），废州府，复县设道。泉州初归厦门道（辖同安、晋江、南安、金门、安溪、莆田、仙游、永春、德化、惠安、十县，驻同安），后属泉州道。民国十六年（公元1927年），废道，设行政督察专员公署，泉州划为第四行政督察专员公署，辖晋江、南安、安溪、永春、莆田、仙游、惠安、金门八县。民国二十二年（1933年）闽变后成立兴泉省，设省政府于泉州，不久即废，后改为第五行政督察专员公署，但辖县不变，直至解放后。
泉州于1949年9月1日解放，并于9月9日设福建省第五行政督察区，辖晋江、惠安、同安、莆田、仙游、安溪、永春、金门（待统一），政区依旧。同年12月，德化县归之。
建国后至1986年，晋江地区是泉州的通称，泉州市仅指鲤城区一地。原来的泉州市政府叫晋江地区行政公署。
1950 年3月改称福建省泉州行政督察专员公署，德化归永安专区；9月改为晋江地区行政督察专员公署，政区依旧；10月德化复归所辖。
1951年1月划晋江县城关和近郊设泉州市。
1955年3月改为晋江专区专员公署。
1956年5月撤销闽侯、永安专区，划福清、平潭、永泰和大田县归泉州。
1958年析同安县归厦门市。1959年8月析福清、平潭、永春归闽侯专区。
1963年4月析大田县归三明专区。
1968年9月撤销晋江专区专员公署，成立福建省晋江专区革命委员会。
1970年6月析莆田、仙游设立莆田专区，同时划同安县归晋江专区。
1971年6月改称晋江地区革命委员会。
1973年6月析同安县归厦门市。
1983年4月28日，国务院批准撤销莆田地区，将莆田、仙游2县划回归晋江地区，同年九月9月莆田仙游再次从晋江地区分出。
1985年5月撤销晋江地区，原县级市泉州市升为地级市，原县级泉州市改为鲤城区（县级），实行市辖县体制，辖鲤城区、惠安、晋江、南安、安溪、永春、德化及金门县（待统一）。
1987年12月，析晋江县石狮、永宁、蚶江三镇和祥芝乡为石狮市（县级市）。
1992年和1993年，晋江、南安相继撤县设市。
1996年，经省政府批准，成立肖厝经济开发管理委员会，为泉州市政府派出机构，析原惠安县所辖的涂岭、后龙、南埔、山腰和埭港5个镇及国营山腰盐场归其所辖。
1997年6月，从鲤城区析出丰泽区、洛江区。
2000年肖厝管委会改为泉港区，至此，泉州市辖鲤城区、丰泽区、洛江区、石狮市、晋江市、南安市和惠安、安溪、永春、德化、金门（待统一）、泉港、清濛共计四区三市五县和一个管委会。
