但是，到底细胞是如何起源的呢？这是生命起源面临的最大难题。第一个细胞的起源也就宣告了地球上生命的起源，因此，从这种意义上来说，细胞的起源就等同于生命的起源。最近，谢平（2014）提出了细胞的光养起源假设 。在一定意义上来说，生命的起源始于有机物质的个性化体系的建立，或者说，没有个性便不会有真正生命的诞生。试问，如果有机分子只是飘忽无定地在“汤”中荡漾，怎会出现现在的生命？哪种生命不以个体形式而存在呢？因此，能导致独立生命系统形成的简单的质膜结构的出现（不论通过何种机制或过程）必定是细胞进化的最关键的一步。不仅需要前细胞体整体的独立性，一些重要生命过程（特别是光合作用）也需要细胞内的独立性，即需要内膜系统，看看蓝细菌的专门的光合机构—类囊体就是如此。
在具备简单膜结构的前细胞体中，光合作用指向的选择过程促进主要生命物质的功能分化—脂质构建细胞膜、蛋白质主要扮演催化者、DNA储存遗传信息、RNA构成DNA与蛋白质之间的桥梁、糖类暂时性储存光合作用转化而来的化学能……。这不完全只是随机过程（虽然在很大程度上是），它更是具有目的性指向（最有效的太阳光能利用）的化学性与生命性的巧妙融合，它为生化反应的秩序化与生命过程的程序化铺垫了基石。
在这里，借用艾根所描绘的反应循环→催化循环→超循环的发展模式。生命通过具有限时性的所谓“永恒”的反应循环，基于一系列复杂而精致的正负反馈关系，连接成一种时限性的生命平衡系统，以便能最有效地将太阳光能转化成化学能。看看蓝细菌的光化学反应中心发生的若干循环反应（水的裂解、电子的循环传递等）、碳的固定（卡尔文循环）和呼吸（三羧酸循环）……以及这些循环之间的连接与正负反馈调控等，这就是生化反应的秩序化过程 。
生命的另一个本质特征就是将遗传物质指挥生命构建过程程序化，即将生命构建过程信息化地储存于DNA之中，这是个性化的生命获得自我繁殖特性必须迈出的重要一步。最后是细胞分裂机制的逐渐形成，这得益于细胞膜的半通透性（小分子养分的进入与大分子碳水化合物的堆积），以及二者之间的矛盾及其必然的结果—细胞破裂过程的无数次重复。精确而周期化的细胞分裂才能使稳定的遗传成为了可能，这时像我们在现存生物中能所见到的细胞才成功地诞生了，细胞运行机制才得以程序化了 。
