协和谬误与囚徒困境的区别有定义和主旨两点：
概念
（1）协和谬误。协和谬误英文是coordination problem 。协和谬误即某件事情在投入了一定成本、进行到一定程度而后发现不宜继续下去，却苦于各种原因而将错就错，欲罢不能。囚徒困境。
（2）囚徒困境是博弈论的非零和博弈中具代表性的例子，反映个人最佳选择并非团体最佳选择。虽然困境本身只属模型性质，但现实中的价格竞争、环境保护等方面，也会频繁出现类似情况。
主旨
（1）协和谬误主要讲的是我们在做决定的时候要尽量不考虑那些已经发生、不可收回的支出，如时间、金钱、精力等等这些沉没成本。
（2）囚徒困境的主旨为，囚徒们虽然彼此合作，坚不吐实，可为全体带来最佳利益（无罪开释），但在资讯不明的情况下，因为出卖同伙可为自己带来利益（缩短刑期），也因为同伙把自己招出来可为他带来利益，因此彼此出卖虽违反最佳共同利益，反而是自己最大利益所在。但实际上，执法机构不可能设立如此情境来诱使所有囚徒招供，因为囚徒们必须考虑刑期以外之因素（出卖同伙会受到报复等），而无法完全以执法者所设立之利益（刑期）作考量。