保健食品与一般食品的主要区别在于它们的定义和功能。按照国家标准GB/T15901-1994和国际标准CODEXSTAN1:1985，一般食品指的是供人类食用的物质，包括加工食品、半成品和未加工食品，但不包括烟草或只作为药品的物质。保健食品则是一种特殊的食品类别，它具有食品的一般特性，能够调节人体机能，适合特定人群食用，但不以治疗疾病为目的。
两者的主要共性在于提供基本营养和满足感官需求。保健食品区别于一般食品的是，它含有适量的功效成分，这些成分具有生理活性，能针对特定功能进行调节。保健食品有特定的食用人群，而一般食品则没有这样的限制。保健食品中的生理活性物质经过提取和浓缩，能确保在人体内达到发挥作用的浓度，从而具备额外的保健功能。
保健食品与药品的主要区别在于，药品旨在治疗疾病，而保健食品本质上是食品，虽然具有调节机能的作用，但并非治疗疾病的工具。对于健康维护者，保健食品更像是一种营养补充，而对于生理机能异常的人，它能够帮助调节和强化免疫系统。科学建议，保持健康的生活方式，如均衡饮食、规律作息、适量运动和乐观心态，是实现健康的关键。
特殊营养食品是针对特殊人群的营养需求设计的，如婴幼儿食品和添加营养强化剂的食品，它们与保健食品的共性在于都含有生理活性物质。但特殊营养食品无需通过动物或人群实验来证明功效，而保健食品则需要明确的科学证据来支持其功效作用。
保健食品是食品的一个种类，具有一般食品的共性，能调节人体的机能，适于特定人群食用，但不能治疗疾病。保健（功能）食品在欧美各国被称为“健康食品”，在日本被称为“功能食品”。我国保健（功能）食品的兴起是在20世纪80年代末90年代初，经过一、二代的发展，也将迈入第三代，即保健食品不仅需要人体及动物实验证明该产品具有某项生理调节功能，更需查明具有该项保健功能因子的结构、含量、作用机理以及在食品中应有的稳定形态。