上海市口岸服务办公室的机构领导主要包括以下人员：
张超美，担任市口岸办主任及党组书记，负责整体工作的指导和决策。
金国军，作为市口岸办副主任，协助主任处理日常工作并分担部分管理职责。
李胜利，市纪委驻市口岸办纪检组长，负责监督和维护口岸的廉政纪律。
江一新，担任市口岸办副巡视员，同时兼任新闻发言人，负责对外信息发布和公共关系工作。
在组织架构上，上海市口岸服务办公室内部设有五个主要部门：
综合处，负责协调和处理办公室的日常事务。
组织人事处，负责人员管理和人力资源政策的制定与执行。
政策法规处，负责研究和制定相关法律法规，确保口岸工作的合规性。
口岸管理处，专注于口岸设施的管理和运营监管。
通关协调处，负责协调与海关、边检等相关部门的通关流程。
另外，为了更好地服务和管理特定区域，上海市口岸服务办公室还设立了三个派出机构：
洋山办事处，负责洋山港的口岸服务。
机场办事处，负责机场口岸的管理工作。
浦东办事处（或称浦江办事处），专注于浦东区域的口岸事务。
上海市口岸服务办公室主要职责内设机构和人员编制规定根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈上海市人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字〔2008〕17号）的规定，设立上海市口岸服务办公室，为市政府直属机构。