河南省禹州市环境保护局作为市政府主管环境保护的职能部门，其主要职责如下：
执行国家和省、市的环境保护政策法规，实施全市环境监督和执法检查，配合制定与环境保护相关的经济、技术政策，并参与区域重大经济项目环境影响评估。
制定和执行环境保护规划，参与全市发展规划，管理环境统计和信息工作，发布环境质量报告。
监督环境保护标准的执行，负责生态环境保护，管理污染物防治，处理环境污染事故，协调环境保护纠纷。
监督自然保护工作，管理保护区和功能区，协调生物多样性和野生动物保护，指导生态农业建设。
组织排污申报与管理，审批建设项目环境影响报告，指导城市环境整治和考核工作。
推动环保科技发展，负责环境科研和监测，进行设备质量监督及引进。
开展环保宣传教育，负责工作人员培训和对外交流。
禹州市环境保护局设有12个科室和3个二级机构，如办公室、行政管理股、财务股、法制信访股等，每个科室负责各自的专项工作，如办公室负责机关协调和文秘工作，行政管理股负责安全保卫和后勤管理，财务股负责财务管理等。
监察大队、监测站和环科所等二级机构则承担特定的环保监督、检测和技术支持工作，如监察大队负责查处违法排污企业，监测站负责环境监测，环科所则负责科学研究。