文山州发展和改革委员会内部设有多个专门的职能科室，以支持和推动全州的经济发展和改革工作。以下是部分主要科室的职责概述：
办公室：负责日常政务运转，如文电管理、档案保密、接待、信息与政务公开、财务与资产管理，以及与上级部门的协调与项目跟踪。
政策法规和发展规划科：负责研究经济社会发展重大问题，起草地方性法规，进行法制宣传，参与非公经济政策制定，协调招投标工作，制定中长期发展规划和结构调整政策。
综合科：监测宏观经济，进行年度计划制定，负责经济运行分析，以及国民经济动员和国防建设的协调工作。
经济体制综合改革科：研究经济体制改革，指导推进专项改革，协调外资和境外投资，参与国际经济合作。
固定资产投资科：负责全社会固定资产投资分析，制定调控政策，安排财政性建设资金，指导项目前期工作和融资。
农村经济科：分析农村经济发展，协调农业、林业等发展规划，负责农村基础设施项目审批。
基础产业科：负责交通发展规划，协调铁路、民航、航运重大项目，以及国家西部大开发战略实施。
产业协调科：统筹工业和服务业发展，协调重大产业基地建设，推进林板浆纸一体化。
高技术产业科：负责高新技术产业发展规划，协调重大示范项目，推动产业技术创新。
资源节约和环境保护科：分析经济社会与资源环境协调问题，制定节能、环保和循环经济政策。
社会发展科：提出社会发展战略，协调教育、卫生等社会事业发展政策。
经济贸易科：监控市场，编制进出口计划，管理重要商品储备，推动现代物流业和资金平衡协调。
重点项目建设科：负责项目前期工作和管理，协调重大项目审批，组织竣工验收。
交通战备办公室：负责交通战备规划和国防动员协调。
其他科室如价格管理、收费管理、价格监督检查、能源局等，分别承担价格调控、能源规划与管理等关键职能。
这些科室的设立旨在确保文山州在各个领域的发展规划和政策制定有条不紊，推动全州经济的持续、健康发展。