内蒙古自治区消费者协会的最高管理机构是其理事会，这个机构由多个来源共同推举产生，包括政府部门、人民团体、盟市及计划单列市消费者协会，以及消费者代表。理事会的核心组成包括会长、副会长和常务理事，他们共同组成常务理事会，负责在理事会闭会期间行使其职责。
会长和副会长的职务变更需经理事会审议通过，常务理事和理事的调整则由常务理事会决定。名誉会长和顾问也是理事会的重要组成部分，他们为协会提供咨询和指导。
理事会每年召开一次全体会议，必要时可召开临时会议，而常务理事会议则根据工作需要不定期举行。理事、常务理事、会长和副会长的任期为五年，可以连任。为了有效运作，协会设有秘书长，他们由会长提名并在常务理事会上通过，副秘书长协助秘书长管理日常工作和办事机构，如投诉监督部、宣传指导部、办公室和财务部。
旗县以上地区依据《消费者权益保护法》设立消费者协会，执行消费者协会的职能，并接受自治区消费者协会的指导。自治区消费者协会通过设立必要的办事机构和专职干部，确保各项工作的顺利进行。
内蒙古自治区消费者协会成立于1991年，是内蒙古自治区广大消费者的组织。它由各有关部门，各人民团体，各盟市，计划单列市消费者协会组织以及各有关方面消费者代表组成，是政府批准依法成立对商品和服务进行社会监督的保护消费者合法权益的社会团体。