发展规划强调构建以企业为主体，市场为导向，产学研紧密结合的科技创新体系。这一体系的建设遵循“定位明确、结构优化、机制完善、能力提升”的原则，旨在深化科技体制改革，推动国家创新体系的整体发展。
首要任务是实施“技术创新引导工程”，通过重大措施激励企业成为创新主体，重点支持具有自主知识产权和创新力的企业发展。同时，强化区域科技工作，整合中央和地方资源，形成中央与地方科技的联动，促进各区域科技的协调发展。
阶段目标包括培育创新型企业，建立工程中心和国家工程实验室，以及产学研战略联盟。通过与国家区域发展战略相结合，构建特色鲜明、优势互补的区域科技创新体系，带动产业集群形成。此外，将加强现代科研院所制度的建立和完善，构建适应市场经济和科技规律的创新体系框架。
在企业主体的建设中，政府将通过政策引导，支持企业投入研发，参与国家科技计划，并与高校、科研院所建立紧密的合作关系，形成企业主导的产学研合作机制。同时，鼓励外资企业设立研发中心，与国内企业共同推动技术创新。
对于科学研究与高等教育，强调深化科研和高校体制改革，建立开放、竞争的运行机制，推动军民结合的国防科技创新体系，以及各具特色和优势的区域创新体系。这些体系将根据地区特点和需求，有效整合和利用科技资源，提升区域科技能力。
最后，建设社会化、网络化的科技中介服务体系，通过政府与市场、发展与规范、专业化分工与网络化协作相结合，促进科技成果转化，提升科技中介服务的专业水平和效率。
国家科技创新体系主要由创新主体、创新基础设施、创新资源、创新环境、外界互动等要素组成，《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006～2020年）》中指出：国家科技创新体系是以政府为主导、充分发挥市场配置资源的基础性作用、各类科技创新主体紧密联系和有效互动的社会系统，目前，我国基本形成了政府、企业、科研院所及高校、技术创新支撑服务体系四角相倚的创新体系，我国科技体制改革紧紧围绕促进科技与经济结合，以加强科技创新、促进科技成果转化和产业化为目标，以调整结构、转换机制为重点，取得了重要突破和实质性进展。