南京军区南京总医院规模庞大，目前配置有1600张床位，以满足各类医疗需求。医院设有51个科室，包括27个临床科室和24个医技科室，涵盖了广泛的医疗服务领域。
在学科建设上，南总医院享有高度认可，拥有1个国家重点学科，以及1个国家级临床药理研究基地。医院内设有三个全军医学研究所，分别是普通外科研究所、肾脏科研究所和检验医学研究所，这些研究所在医学领域具有显著的影响力。此外，医院还有两个“十五”重中之重学科和两个器官移植及肾脏病重点实验室，以及一个全军优生优育指导中心。
在区域层面，医院拥有两个军区级医学研究所和十个医学专科中心，展示了其在地方医疗领域的领导地位。同时，医院还设有江苏省医学重点实验室和三个重点学科，以及一个省级实验动物清洁级基地，为科研提供了坚实的基础。
在科研人才方面，医院拥有多位顶尖医学专家，包括中国工程院院士黎介寿和刘志红，以及众多获奖者，如“何梁何利”基金奖、中国工程院“光华青年奖”等，展现了医院在医学研究领域的杰出贡献。南总医院的中青年专家在国家“百千万人才工程”中脱颖而出，多名医护人员荣获国家和军队的各类荣誉，显示出医院的人才储备和专业实力。
目前，医院高级医学专家超过280人，硕士以上学历者超过250名，中青年专家在科室领导中的比例已达到68%，显示出医院对年轻人才的重视和培养。
南京军区南京总医院是一所医教研协调发展的大型综合性医院，简称“（南京）军区总院”。南京大学医学院临床学院，第二军医大学等校的教学医院。1994年首批被评为“三级甲等医院”，1999年获得“全国百佳医院”称号，2000年经人事部批准，在全国医院系统首家设立博士后科研工作站，2002年被批准独立招收博士后。2003年7月，医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获“全国拥政爱民模范单位”称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。