大庆市商务局内设多个功能明确的科室，确保商务工作的高效运行。
办公室主要负责综合文件起草、文电管理、安全保密、财务审计、机构编制人事管理、信息化建设及对外联络等工作，是商务局的核心协调部门。
政策法规科负责制定商务事业发展战略、研究开放政策、国内贸易和国际合作的政策研究，以及反倾销、反补贴等公平贸易工作，并处理相关行政诉讼案件和信息发布。
市场体系建设科致力于市场规划和建设，推动流通标准化，规范零售促销行为，负责大宗产品市场和农村市场的发展，监管拍卖、典当等特殊行业。
商贸服务管理科负责商贸服务行业管理，推动流通现代化，指导节能降耗，负责成品油和再生资源回收行业的监管，以及消防安全和会展业指导。
市场运行调节科负责市场秩序整顿、商务执法、举报投诉服务和商务信用工作，同时监测市场运行，保障重要消费品供应，并负责食品安全和酒类流通等领域的监管。
对外贸易科（机电进出口管理办公室）负责进出口计划制定、宏观监控、进出口许可管理、经贸洽谈和机电产品出口政策实施等工作。
国际经济技术合作科（大庆市口岸管理办公室）负责国际合作年度计划、国外承包工程管理、境外企业监管、技术引进和出口、口岸管理等工作。
外资管理科主要负责全市利用外资计划、政策制定、外商投资企业审批和监管、经济开发区外资战略等工作，确保外资在全市经济中的合理利用和引导。
根据《大庆市人民政府机构改革方案》（黑编[2010]30号），设立大庆市商务局，为市政府工作部门。